将非常大的R S4 DGC矩阵转换为数据帧

我有一个非常大的稀疏矩阵（4941643682个元素，内存中有5.6Gb的R对象），我需要将其转换为3列data.frame（行、列、值），然后将其转储到文本文件中进行进一步处理

我曾经尝试过“summary”方法，但没有成功（我以前在其他数据集中成功地使用过这种方法）。由于数据的“S4性质”，summary方法不再返回矩阵，而只返回此描述

> typeof(mat)
[1] "S4"
> summary(mat)
    Length      Class       Mode 
4941643682  dgCMatrix         S4  

尝试将对象强制转换为矩阵也不起作用：

> matrix(mat)
Error in as.vector(.Call(Csparse_to_vector, x), mode) : 
  Cholmod error 'problem too large' at file ../Core/cholmod_dense.c, line 105

这些数据来自一个hdf5文件，我必须使用Seurat包打开该文件

library(Seurat)
library(hdf5r)

tt<-ReadH5AD(file = "input.h5ad",assay = "RNA", layers = "data", verbose = TRUE)

mat<-GetAssayData(tt, assay="RNA",slot="data")

库（Seurat）
库（hdf5r）
ttTry
选择方法（“摘要”、“dgCMatrix”）（mat）
？
class（mat）
返回什么？显然，您无法将如此大的稀疏矩阵转换为密集矩阵（使用
matrix
或
as.matrix
）。噢，谢谢！那很有效！顺便说一句，类（mat）返回了
>类（mat）[1]“dgCMatrix”attr（，“package”）[1]“Matrix”
不知道为什么方法调度不能正常工作。可能值得向Seurat维护人员报告这一点。“将其转储到文本文件中”-我非常确定MatrixMarket格式基本上是一个（行、列、值）文本文件，因此它看起来像是
Matrix:：writeMM（mat，“mat.mtx”）
可以工作，即跳过中间转换。尝试
selectMethod（“summary”，“dgCMatrix”）（mat）
？
class（mat）
返回什么？显然，您无法将如此大的稀疏矩阵转换为密集矩阵（使用
matrix
或
as.matrix
）。噢，谢谢！那很有效！顺便说一句，类（mat）返回了
>类（mat）[1]“dgCMatrix”attr（，“package”）[1]“Matrix”
不知道为什么方法调度不能正常工作。可能值得向Seurat维护人员报告这一点。“将其转储到文本文件中”-我非常确定MatrixMarket格式基本上是一个（行、列、值）文本文件，因此它似乎可以工作，即跳过中间转换。