如何使用sed重命名fasta文件头

我知道这很容易，但我不能让它工作。我试图使用sed和evnet重命名头，尽管reg expersion可以工作，但我无法重命名fasta头。这里有一个小例子。我有一个多序列fasta文件，如下所示

>Bra000001
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

现在我只想在fasta标题的末尾加上“Brassica rapa”，就像这样

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

我这样做是为了让它工作

grep ">" in.fa | sed 's/$/ Brassica rapa/' > out.fa

但是，通过这样做，我只能更改标题，但这里没有序列信息。理想情况下，我希望更改标题并保持序列不变。

您只能使用其替换命令，检查行是否以

字符开头，将整行分组并在末尾附加字符串，如：

sed 's/^\(>.*\)$/\1 Brassica rapa/' infile

它产生：

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

您只能与它的替换命令一起使用，检查行是否以

字符开头，将整行分组并在末尾附加字符串，如：

sed 's/^\(>.*\)$/\1 Brassica rapa/' infile

它产生：

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

---

awk

做得既好又简单

awk '/^>/ {$0=$0 " Brassica rapa"}1' in.fa >out.fa
>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

---

awk

做得既好又简单

awk '/^>/ {$0=$0 " Brassica rapa"}1' in.fa >out.fa
>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

或

或

---

这可能更简单一些：

sed'/^>/s/$/Brassica rapa/'

——对于以

开头的行，请将行尾更改为给定的字符串。或者，像您没有捕获括号的情况一样：

sed's/^>*/&Brassica rapa'

--其中

&

被替换为匹配的文本。感谢他们所有人的努力。不过我有个问题。“sed”分组与“R”分组的效果相同吗？@glennjackman：好的选择。可能他们两个都比我快。@upendra:我不知道

R

。我没办法。抱歉。这可能更简单一些：

sed'/^>/s/$/Brassica rapa/'

——对于以

开头的行，请将行的结尾更改为给定的字符串。或者，像您没有捕获括号的情况一样：

sed's/^>*/&Brassica rapa'

--其中

&

被替换为匹配的文本。感谢他们所有人的努力。不过我有个问题。“sed”分组与“R”分组的效果相同吗？@glennjackman：好的选择。可能他们两个都比我快。@upendra:我不知道

R

。我没办法。抱歉，抱歉重复回复，在发布mineJotne时还没有阅读glenn jackman对Birei回复的评论抱歉重复回复，在发布mineJotne时还没有阅读glenn jackman对Birei回复的评论，你能告诉我“1”是什么数字吗？我试图删除它，但它不起作用，当我将它更改为其他数字，如“2”和“3”（只是为了确保它是用于分组的，类似于上面的awk），它起到了意想不到的作用。@upendra这是

awk

中最常用的命令。当你有一个从

1

到更高的数字时，这将是一个真实的测试，并执行默认操作

print

，因此

1

=

1{print}

=

1{print$0}

Jotne，你能告诉我“1”是什么数字吗？我试图删除它，但它不起作用，当我将它更改为其他数字，如“2”和“3”（只是为了确保它是用于分组的，类似于上面的awk），它起到了意想不到的作用。@upendra这是

awk

中最常用的命令。当您有一个从

1

到更高的数字时，它将是一个真实的测试，并执行默认操作

print

，因此

1

=

1{print}

=

1{print$0}