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Tcl MD轨道上的径向密度分布

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Tcl MD轨道上的径向密度分布,tcl,scientific-computing,vmd,Tcl,Scientific Computing,Vmd,我有一个水盒中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧，我想得到胶束的质心（COM），并计算从COM到水盒侧面的水分子密度。有人知道最好的方法是什么吗？我想知道以前是否有人处理过这样的问题 谢谢 Sadegh首先-编写了许多有用的命令以及如何使用它们 你应该选择你的脂质（我假设胶束是由磷脂形成的），而不是按类型选择-脂质： set sel1 [atomselect top "lipids"] 或改名： set sel1 [atomselect top resname DPC] 除此之外： cente

我有一个水盒中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧，我想得到胶束的质心（COM），并计算从COM到水盒侧面的水分子密度。有人知道最好的方法是什么吗？我想知道以前是否有人处理过这样的问题

谢谢
Sadegh

首先-编写了许多有用的命令以及如何使用它们

你应该选择你的脂质（我假设胶束是由磷脂形成的），而不是按类型选择-脂质：

set sel1 [atomselect top "lipids"]
或改名：

set sel1 [atomselect top resname DPC]
除此之外：

center_of_mass $sel1
计算从COM到容器侧面的水分子密度 水箱

我不知道你到底在说什么-胶束里有一些水分子？或者说水盒是指水分子与胶束的距离在一定范围内？请提供更多信息（最好是一些带有说明的系统图片）。

嗨，萨德格！请你在图片中解释一下“并计算从COM到水箱侧面的水分子密度”是什么意思？你用什么脂类？（需要在示例中写出正确的resname）嗨，XuMuK！胶束位于一个立方体的水盒中，周围是水分子。此外，一些水分子渗入胶束内部。为了观察胶束内部和外部有多少水分子，我需要计算水分子相对于胶束COM的径向密度函数。你可以想象胶束COM周围的一些球形层，半径r可变。我想找出每一层中水分子的数量，作为r的函数。然而，我发现LOOS软件包有一个插件可以做到这一点。@S110Faramazi所以你应该使用
atomselect top“在resname DPPC的5之内”
另外：这样做的方法是指定类似“sqr（x-3）+sqr（y-4）+sqr（z+5）