如果一列匹配，而另一列的值低于5x10^-8，则UNIX将行复制到新文件

类似的问题很多以前的（包括我的），但我找不到解决办法。这纯粹是一个语法错误，我不知道如何使它工作

我在Unix中有两个文件。在file1中，我有5列和大约6000行。如果第1列完全匹配，并且如果file1第5行的值小于所述行的0.00000005，我将尝试将file2中的行与file1中的行进行匹配

文件1：

SNPs    Context Intergenic  Risk Allele Frequency   p-Value
rs9747992   Intergenic  1   0.086   2.00E-07
rs2059865   Intron  0   0.235   3.00E-07
rs117020818 Intergenic  1   0.046   7.00E-07
rs1074145   Intergenic  1   0.162   4.00E-09

文件2：

snpid hg18chr bp a1 a2 zscore pval CEUmaf
rs3131972   1   742584  A   G   0.289   0.7726  .
rs3131969   1   744045  A   G   0.393   0.6946  .
rs3131967   1   744197  T   C   0.443   0.658   .
rs1048488   1   750775  T   C   -0.289  0.7726  .

我可以做第一部分，但它会不断输出一个比前两部分大的文件。我不确定这是否是一个真实的结果文件或只是充满了重复？我也不能执行“小于”命令。我尝试将其作为第二种模式放入命令中，并将其管道化，如下所示：

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}{if ($1 in a) {print $0}}' file1 file2 > output | awk '{if (a[$5] < 0.00000005)}'

awk'FNR==NR{a[$1]=0；next}{if（$a中的1）{print$0}}}'file1 file2>输出| awk'{if（a[$5]<0.00000005）}'

及

awk'FNR==NR{a[$1]=$0；next}{if（$1 in a&&$5<0.00000005）}{print$0}}}file1 file2>输出

这两次它都给了我相同大小的文件，比file1或file2大很多。如果你想要表格的例子，请说

暂定解决办法：

我正在使用的一个暂定解决方案是只创建一个新文件，其中只包含file1中具有该file11的行

---

根据我上面的评论，如果您使用file2作为筛选列表，则需要将其加载到

a[]

数组中

我已经制作了一个小样本来说明它是如何工作的，

$28<.000005

的测试应该很容易添加到代码中

使用文件data1

1 2 3 4 5 6 7
2 3 4 5 6 7 8
4 5 8 7 8 9 10

和文件搜索列表

3

然后

输出

2 3 4 5 6 7 8

编辑根据我们在评论中的对话，在没有看到您所需输出的情况下，我的最佳猜测是

我在文件1中添加了一条额外的记录，以便可以进行匹配

rs3131972   Intergenic  1   0.086   2.00E-07


awk '( FNR==NR && (sprintf("%.07f",$5) < .000000005) ) {
        a[$1]=$0
        #dbg print "a["$1"]="a[$1]
        next
    } 
    FNR!=NR{ 
        #dbg print "$1="$1 
        if ($1 in a)print "Matched:" $0
    }' file1 file2

---

IHTH

基于Shellers援助的答案

awk -F $'\t' 'NR==FNR{if ($5 < 0.00000005){a[$1]=$0}} NR!=FNR{if ($1 in a) print $0}' file1 file2 > output

awk-F$'\t''NR==FNR{if（$5<0.00000005）{a[$1]=$0}}NR=FNR{if（$1 in a）打印$0}'文件1文件2>输出

---

谢谢

谢勒的回答很好。我的更多是关于你做错了什么。你的第一次尝试

> awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}{if ($1 in a) {print $0}}
      ' file1 file2 > output | awk '{if (a[$5] < 0.00000005)}'

这（根据省略条件或动作的规则，并经过一些重构）可以简化为

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
    $1 in a' file1 file2 |
awk '$5 < 0.00000005' >output

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
     ($1 in a) && $5 < 0.00000005' file1 file2 > output

这当然可以简化为

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
    $1 in a' file1 file2 |
awk '$5 < 0.00000005' >output

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
     ($1 in a) && $5 < 0.00000005' file1 file2 > output

awk'FNR==NR{a[$1]=$0；next}
（a中的$1）和$5<0.0000000 5'文件1文件2>输出

您的描述让我觉得您想对

file2

中的值进行过滤，但您正在使用

FNR==NR

将

file1

加载到搜索目标数组中。尝试将第二个cmd的末尾更改为

file2 file1>输出。祝你好运。（解决了格式问题，请先阅读；-））。在第一个cmd中，
…file1 file2>输出| awk…
是一个shell非sequitor。代码
|awk…
不会发生任何事情。您已经用
>输出捕获了所有打印输出。您的第二个解决方案似乎非常接近。我会看几分钟，你也需要学会用尺度思考。您可以使用一个4列数据集提出这个问题，使其正常工作，然后只要将
$1、
（或任何时候）引用更改回$22和$28，就可以认为较小的测试用例正常工作。你能修改你的问题来解决这个问题吗？为这两个文件添加3-4行数据，您将从众多热心的助手那里获得解决方案；-）祝你好运。你的第二个awk脚本有0.0000005（6个零），它应该是0.00000005（7个零）。文件1是包含文件的模式，我想用它来过滤文件2（很抱歉不清楚）。我想从file2中获取与file1中pval<0.00000005的行相匹配的行。我按照你的建议编辑了它。您在这里的方法仍然有用吗？嗯。现在我看到您正在“加倍返回”以从源列表（
file1
）比较
.0000005
值。如果该条件为真，我只会将值放入
a[]
。另外，请从该组输入中添加预期的输出。输出应与文件2完全相同，只是包含较少的行（因为它们应该由文件1过滤）。您在这里的命令会将file2中的所有行打印到输出文件中。有趣的是，我设置了您的文件，当我运行代码时，没有得到任何输出。您是否要求代码可以比较字符串值，如（在文件1的第一行中）
2.00E-07
到
.00000002
，而无需将其转换为可比较的格式？嗯。。。我在file2.$1中没有看到file1.$1中的任何值。请参阅我的更新，以比较
2.00E-07
与
.00000002
类型值（使用sprintf）。我现在发现，我没有注意到条件将应用于第一个文件，但既然您已经涵盖了这一点，我就不谈了。感谢您的反馈。慢慢掌握UNIX。
awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}{if ($1 in a) {print $0}}' file1 file2 |
awk '$5 < 0.00000005' >output

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
    $1 in a' file1 file2 |
awk '$5 < 0.00000005' >output

> awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
    {if ($1 in a && $5 < 0.00000005)} {print $0}}' file1 file2 > output

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
    {if ($1 in a && $5 < 0.00000005) print $0}' file1 file2 > output

awk 'FNR==NR{a[$1]=$0;next}
     ($1 in a) && $5 < 0.00000005' file1 file2 > output