Algorithm 关于史密斯-沃特曼算法的问题

我正在使用Smith-Waterman算法运行一些字符串匹配测试。我目前正在使用SimMetrics（Java开源项目）来运行测试

有人能解释为什么当我将“Bloggs J.”与“Bloggs”进行比较时，我得到的相似性值为1.0吗

显然存在差距（例如“o”和“.”），但似乎没有受到处罚

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提前感谢。

是一种局部对齐算法。这意味着它的设计是为了对齐对齐对齐良好的字符串的片段，而不是对齐整个字符串。你所说的“缺口”不应该被视为缺口，因为它被认为发生在对齐区域之外。长度为“Bloggs”的字符串与“Bloggs J.”的对齐可能比不上“Bloggs”。如果需要全局对齐，则应使用。

是一种局部对齐算法。这意味着它的设计是为了对齐对齐对齐良好的字符串的片段，而不是对齐整个字符串。你所说的“缺口”不应该被视为缺口，因为它被认为发生在对齐区域之外。长度为“Bloggs”的字符串与“Bloggs J.”的对齐可能比不上“Bloggs”。如果您想要全局对齐，您应该使用。

这是关于算法本身的问题（即，您肯定您的实现是无错误的，但您不理解算法为什么输出这个特定结果），还是关于您的实现（您怀疑它不稳定，因此会给出错误的结果）？我不能100%确定实施是否正确，但我认为可能是这样。我想知道是否有人能解释预期的结果是什么，以及为什么。试一下小程序：Hi Tur1ng，这个小程序太棒了！非常感谢你的帮助！这是关于算法本身的问题（即，你肯定你的实现是无错误的，但你不理解算法为什么会输出这个特定的结果），还是关于你的实现（你怀疑它不稳定，因此会给出错误的结果）？我不是100%确定实现是正确的，但我想可能是这样。我想知道是否有人能解释预期的结果是什么，以及为什么。试一下小程序：Hi Tur1ng，这个小程序太棒了！非常感谢你的帮助！对的有关史密斯·沃特曼（Smith Waterman）的概述以及实现与Needleman Wunsch的区别的更多详细信息，请参阅本文：。正确。有关Smith Waterman的概述以及有关实现与Needleman Wunsch的区别的更多详细信息，请参阅本博客文章：。