Arrays Matlab：过滤大型数组元素，更快地替代逻辑索引？

我有一个大的三维浮动数据集，大约有5亿个元素（3000 x 300 x 600）

我想使元素低于或高于某些阈值零。逻辑索引可以做到这一点，例如

cut_in = 0.5
cut_out = 6
Hs(Hs<cut_in) = 0 ;
Hs(Hs>cut_out) = 0 ;

cut_in=0.5
切口=6
Hs（Hscut_out）=0；

问题是，这对我来说非常缓慢，因为数据量很大。上面的代码在我的计算机上运行需要240秒。有没有更快的办法

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非常感谢，

正如@rayryeng和@AndrasDeak在对您的问题的评论中指出的那样，逻辑索引通常是最快的，尽管您的运行时表明您可能受到内存（以及被迫交换到磁盘上）的限制，而不是索引的实际速度

在这种情况下，一个令人惊讶的选择是循环。这是因为逻辑索引需要三次通过数组（每个不等式测试一次，更改数据一次），而for循环只需要一次通过数组

基准 因此，我在一台内存为8 GB的机器上运行了这些测试（并意外地将阵列大小增加了一倍）：

>> A = randn(6000,300,600);
>> cut_in = -1;
>> cut_out = 1;

使用for循环：

>> tic; for i=1:numel(A), if A(i)<cut_in || A(i)>cut_out, A(i)=0; end; end; toc
Elapsed time is 597.384884 seconds.

#include "mex.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])
{
    double *A = mxGetPr(prhs[0]);
    size_t N = mxGetNumberOfElements(prhs[0]);
    double cut_in = *mxGetPr(prhs[1]);
    double cut_out = *mxGetPr(prhs[2]);
    // You're not supposed to do in-place operations! Don't do this!
    for (ptrdiff_t ii=0; ii<N; ii++) {
        if ((A[ii]<cut_in) || (A[ii]>cut_out))
            A[ii] = 0;
    }
}

---

需要记住的一点是，我们在一个机制中运行，访问交换空间是性能的主要瓶颈，因此基准测试结果可能会有所不同，甚至在同一台机器中，这取决于当前主内存中的内容（与需要交换的内容相比）以及正在运行什么样的后台进程。

使用5亿个元素执行此操作。。。这是你能得到的最快的方法<代码>逻辑索引是切片和索引数组的最快方法之一。你必须考虑这个内存占用多少个元素。500000000*8字节/个=4 GB。我也无法重建你的时间安排。我刚刚用随机值在我的电脑上试过，这大约需要2.4秒。您可能还有其他大变量，这些变量会影响可用内存量。请将这两个索引与逻辑

&

放在一起。我认为问题不在于索引：它是对大范围值的内存访问。如果超过一半的数组将被更改，请考虑使用<代码> HSTMP = HS；Hs=零（大小（Hstmp））；inds=Hstmp>cut_in&Hstmp代码是最优的，但性能让我惊讶。当我用3000 x 300 x 200运行代码时（我的matlab不可能实现更多），只需3秒钟。我假设你超出了内存，Matlab开始交换数据；抽搐；X（X<0.25）=0；toc表示“有趣”，大约需要20秒。@AndrasDeak：大约275秒，但它使我的系统真的没有响应，所以我不建议对此进行测试。；）但5亿双值中约90%随机分布。。。而不是CPU负载密集型交换：什么版本的MATLAB？什么硬件？R2015b，i7-4610M，16GB，25秒用于循环，9秒用于逻辑索引。@excaza，感谢您提供额外的基准测试；当我在能够将阵列保存在主内存（R2014b、RHEL 6.5、2x E5-2680、256GB）中的机器上运行它时，我会遇到与您类似的情况。然而，原来的海报似乎是在交换是性能瓶颈的情况下运行的，因此这个答案是在更旧的硬件上运行的（R2014b，RHEL 6.5，2x Opteron 248，8GB）。@excaza哈哈，设置不错D@user1877862，不太重要，但您似乎在a=randn（6000300600；

#include "mex.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])
{
    double *A = mxGetPr(prhs[0]);
    size_t N = mxGetNumberOfElements(prhs[0]);
    double cut_in = *mxGetPr(prhs[1]);
    double cut_out = *mxGetPr(prhs[2]);
    // You're not supposed to do in-place operations! Don't do this!
    for (ptrdiff_t ii=0; ii<N; ii++) {
        if ((A[ii]<cut_in) || (A[ii]>cut_out))
            A[ii] = 0;
    }
}

>> mex -v CXXOPTIMFLAGS="-O3 -DNDEBUG" -largeArrayDims apply_threshold.cpp
>> tic; apply_threshold(A,cut_in,cut_out); toc
Elapsed time is 529.994643 seconds