如何使用nextflow从awk脚本中的另一个文件导入函数

根据Nextflow文档，我将awk脚本放在

bin/

文件夹中。一些脚本共享相同的函数，因此我编写了一个文件，其中仅包含awk函数，我通常使用：

@include "relative/path/to/lib.awk"

但是由于脚本在nextflow工作目录中运行，因此相对路径不再工作。我也试图将库文件放入

bin/

中，但效果不太好

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我应该如何进行？我不想复制/粘贴脚本中的函数，也不想硬编码绝对路径。

感谢@Pallie提供有关

workflow.projectDir

的提示。关于这个变量的文档是（我想我到处都找过了，不清楚我能做什么），这个答案也有帮助：

awk可以在

AWKPATH

中加载库文件，我的文件在

lib/

中，因此，对于下一个流程：

process my_process {
  input:
  path input from input_channel

  output:
  path "output.txt"

  script:
  """
  export AWKPATH="$workflow.projectDir/lib"
  script.awk ${input} > output.txt
  """
}

在我的脚本顶部，我这样调用库文件

@include "my_functions.awk"

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你能使用workflow.projectDir/path/to/awk吗？谢谢你的提示，我不知道工作流。projectDir很高兴能提供帮助