Bash传递不在循环第i个元素中的文件名

在一个简单的文件处理过程中，如果要对目录中的每个文件执行某些操作，可以执行以下操作：

for i in file1 file2 file3 file5
do
echo "Processing $i"
done

FILES=/path/to/directory
for i in $FILES
do
bedtools intersect -a $i -b file2 file3 file5
done

这里我要做的是将$I以及非$I文件作为参数传递给命令。假设我的目录包含4个文件（file1、file2、file3、file5）。例如，在处理file1时循环的第一次迭代中，我希望将其余文件（file2、file3、file5）传递给命令的-b参数

例如，bash中循环的第一次迭代应如下所示：

for i in file1 file2 file3 file5
do
echo "Processing $i"
done

FILES=/path/to/directory
for i in $FILES
do
bedtools intersect -a $i -b file2 file3 file5
done

在第二次迭代中由于文件2位于$i中，其余文件将传递给

-b

参数

for i in $FILES
do
bedtools intersect -a $i -b file1 file3 file5
done

对于目录中的所有文件，依此类推。简而言之，将当前文件传递给

-a

参数，将其余文件传递给

-b

参数

for i in $FILES
do
bedtools intersect -a $i -b file1 file3 file5
done

---

如果有人能帮我，那就太好了。谢谢。

您只需使用数字循环并从数组中取出切片即可：

shopt -s nullglob
files=( path/to/directory/* )

for (( i = 0; i < ${#files[@]}; ++i )); do
    file=${files[i]}
    others=( "${files[@]:0:i}" "${files[@]:i+1}" )
    bedtools intersect -a "$file" -b "${others[@]}"
done

shopt-s nullglob
文件=（路径/到/目录/*）
对于（（i=0；i<${#文件[@]}；++i））；做
file=${files[i]}
其他=（“${files[@]：0:i}”“${files[@]：i+1}”）
bedtools相交-a“$文件”-b“${others[@]}”
完成

---

这将循环遍历数组

文件的索引

，并在当前索引

i

之前和之后切片该部分，以获得

其他索引

，您也可以这样尝试

op=$(find /path/to/directory ! -iname ".*")                                                      
temp=$op                                                                        

for i in $op;                                                                   
do                                                                              
    rfile=${temp//$i/}                                                          
    rfile=$(echo $rfile | tr '\n' ' ')                                          
    bedtools intersect -a $i -b $rfile                                              
done

---

谢谢你的回答，我认为它没有正确地传递$other文件名。我得到了一个错误。我已经手动尝试过，当我按照以下方式操作时，它正在工作：

bedtools intersect-a file1.txt-b file2.txt file3.txt。。fileN.txt>output.txt

。你能不能加一条回音线，这样我就可以看到我传递给这些参数的是什么？谢谢。$others文件名应该用空格分隔。如果您在脚本中添加

set-x

，您将能够看到正在执行的命令。@Newbie“${others[@]}”将数组的每个元素作为单独的字（参数）展开。我使用了一个额外的东西，这可能是导致问题的原因。你能告诉我怎么做才对吗。要获取我的文件的第一个索引，请将其文件名在

上分离：

a=$（echo$file | cut-d“-uf 1）

，然后将输出保存为

bedtools intersect-a“$file”-b“${others[@}”>$a

这是错误的。任何类型的空白文件都会严重破坏您的代码！代码有严重错误：1）带有空格字符的文件名会破坏代码。2） 如果您没有使用数组的额外功能，请使用

“${files[@]}”

！3） 报价扩展：

文件+=（“$i”）

。4） 引用

unset

命令，否则它将进行路径名扩展。如果您的目录中有一个名为

fileso

的文件，它将破坏您的代码。另外，请注意，可以在数组的索引上循环。那么就不需要计数了。