C++ 将3D阵列写入HDF5

我正在尝试将3D数据集写入HDF5文件。写入成功，文件中的尺寸都正确，但是，当使用HDFView工具时，数据是混乱的，但具有可识别的结构，因此我必须靠近。我不知道我缺少什么，也找不到编写3D数据的好例子

数据是一个连续的内存块，索引如下：

data[layer][row][col]

或

data[layer*rows*cols+row*cols+col]

下面是我正在使用的代码，其中HDF5_CHECK是一个在出错时抛出异常的宏

const hsize_t dim[] = { rows, cols, layers };
hid_t space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);

hid_t dataset = H5Dcreate(file, "dataset", type, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
HDF5_CHECK(dataset);
HDF5_CHECK(H5Dwrite(dataset, type, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data));

HDF5_CHECK(H5Sclose(space));
HDF5_CHECK(H5Dclose(dataset));

编辑

我认为这个问题与索引有关。C++中的数组是正确的。但是，我相信我希望将Z，Y，X数据作为Y，X，Z存储在HDF5容器中。这必须是可能的使用Hyperslab，但我不确定如何

编辑2

由于数据具有结构，我可以在HDFView中以图像的形式查看数据。以下内容有助于说明问题：

编辑3

联系了HDF小组，发现在当前实施中无法移动尺寸。必须在写入数据集之前完成此操作

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由于指定了不正确的内存数据空间，数据集中的元素未按预期顺序排列

第4节中的演示了HDF5如何在两个总体大小相同的数据空间之间读取数据，但将维度从文件交换到内存。实际上，函数声明如下：

herr_t H5Dwrite(hid_t dataset_id, hid_t mem_type_id, hid_t mem_space_id, hid_t file_space_id, hid_t xfer_plist_id, const void * buf )

const hsize_t dim[] = { rows, cols, layers };
hid_t space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);

hid_t dataset = H5Dcreate(file, "dataset", type, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

HDF5_CHECK(dataset);

const hsize_t mem_dim[] = { layers, rows, cols };
hid_t mem_space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);
HDF5_CHECK(H5Dwrite(dataset, type, mem_space, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data));

第三个参数是指内存数据空间，在我们的例子中，它与文件的（以前定义为

（行、列、层）

）不同。 它应该定义为

（层、行、列）

。指南中的同一页说明HDF5遵循与C中相同的阵列存储约定：

数据空间维度从1到秩进行编号。HDF5使用C存储约定，假设最后列出的维度是变化最快的维度，而第一个列出的维度是变化最慢的维度。在文件中存储数据空间维度时，HDF5文件格式存储布局规范遵循C约定，HDF5库遵循相同约定

更正后的代码应如下所示：

herr_t H5Dwrite(hid_t dataset_id, hid_t mem_type_id, hid_t mem_space_id, hid_t file_space_id, hid_t xfer_plist_id, const void * buf )

const hsize_t dim[] = { rows, cols, layers };
hid_t space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);

hid_t dataset = H5Dcreate(file, "dataset", type, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);

HDF5_CHECK(dataset);

const hsize_t mem_dim[] = { layers, rows, cols };
hid_t mem_space = H5Screate_simple(3, dim, NULL);
HDF5_CHECK(H5Dwrite(dataset, type, mem_space, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, data));

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数据如何声明？每个元素的预期基元类型是什么？该类型实际上是模板化的<代码>数据

被声明为向量，但是，在该方法的上下文中，当数据被模板化时，如何定义

类型

？我们还可以看到数据及其“混乱”形式的示例吗？我发布的方法对于类是私有的，带有一堆重载（每个数据类型一个重载），这些重载转发给提供HDF类型的方法。由于索引更改，数据混乱。请看我的编辑。对不起，我的意思是，我还不明白数据集中的数据组织方式（错误）。假设3D数据集中的每个位置都为类型为

T

的一个实例腾出空间，很难理解为什么索引是一个问题。一个具体的例子会很有帮助，但这也不起作用。事实上，它给出了（似乎）相同的答案。我添加了一张图片，显示正在发生的事情和预期的结果。我忘了你可以用不同的方式指定内存空间，我真的认为这是可行的。我试着进一步改变内存空间来测试会发生什么。我使用什么作为mem_空间似乎并不重要，输出是相同的，甚至

const-hsize_t mem_dim[3]={layers*rows*cols，1，1}这确实很有趣。HDFView应允许您在将数据集作为图像打开时分配每个图像维度。你试过所有可能的组合了吗？我们离解开这个“谜”不远了：）我试过好几次了。我想我需要对文件_空间进行超实验室测试，因为它的配置与内存空间不同。我一直在努力，但运气不好。文档不明确，没有类似的3D示例。