C++ 无法在Ubuntu Conda环境中编译R包：x86_64-Conda-linux-gnu-c++；：找不到

我在Ubuntu20.04 LTS操作系统上运行Miniconda3，并在conda环境中安装了R-4.0.3。当我试图在CRAN repositoriesvia R提示符下安装软件包时，我得到一个

x86_64-conda-linux-gnu-c++：未找到

我已经按照内置gcc工具链上Anaconda文档中的建议运行了sourceactivateqwe（qwe是环境的名称）。我还运行了源代码激活根

我还使用conda install gxx_linux-64安装了comiler工具链

My echo$PATH返回以下内容：

/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/bin:/home/sreetta/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin

下面是我尝试安装名为bayesm的软件包时的完整输出

安装软件包（“bayesm”） ---请选择用于此会话的CRAN镜像--- 正在尝试URL'https://cloud.r-project.org/src/contrib/bayesm_3.1-4.tar.gz' 内容类型“应用程序/x-gzip”长度2269364字节（2.2MB） ================================================== 下载2.2MB

• 正在安装源程序包“bayesm”。。。 **包“bayesm”已成功解包并检查MD5总和 **使用分阶段安装 **自由基 x86_64-conda-linux-gnu-c++-std=gnu++11-I“/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/include”-DNDEBUG-I../inst/include/-I'/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/Rcpp/include'-I'/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/RcppArmadillo/include'-DNDEBUG-D_-FORTIFY_-SOURCE=2-O2-isystem/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/include-I/home/sreetta/miniconda/miniconda3/qwe-Wl-rpath链接，/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib-fpic-fvisibility inlines hidden-fmessage length=0-march=nocona-mtune=haswell-ftree vectorize-fpic-fstack protector strong-fno plt-O2-ffunction sections-pipe-isystem/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/include-fdebug prefix map=/home/conda/feedt\u root/build\u artifacts/r-base\u 1603047469992/work=/usr/local/src/conda/r-base-4.0.3-fdebug prefix map=/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe=/usr/local/src/conda prefix-c RcppExports.cpp-o RcppExports.o /bin/sh:1:x86_64-conda-linux-gnu-c++：未找到 make:**[/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/etc/Makeconf:180:RcppExports.o]错误127 错误：包“bayesm”的编译失败
• 删除“/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/bayesm”
• 恢复以前的“/home/sreetta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/bayesm”

下载的源程序包位于中 “/tmp/Rtmp6hsphd/download_packages” 正在更新“.Library”中包的HTML索引 正在制作“packages.html”。。。完成 警告信息： 在install.packages（“bayesm”）中：

---

安装程序包“bayesm”的退出状态为非零

如果您在Conda环境中安装了R，我强烈建议您避免通过

utils:：install.packages进行安装。相反，通过Conda安装。许多CRAN软件包可通过Conda Forge频道获得，通常在软件包名称前加上“r-”。所以，试试看

conda安装-n qwe-c conda forge r-bayesem
多亏了@merv，我了解了使用conda构建环境的不同方法，并成功实现了我的目标。他发布了一个链接，指向他关于使用
environment.yaml
文件构建特定编译器和依赖项的答案之一。我还学到了一些有价值的东西：“最好将源库所使用的频道保持在最低限度。在以前的安装中，我将默认频道、
r
、
pypi
和
conda forge
频道组合在一起。”。在这个成功的设置中，只有
conda forge
和
pypi

以下是我在miniconda3安装中为R正确编译所遵循的步骤

已完全删除现有安装：
我还从/etc/profile和~/.bashrc中删除了以下行
（这是必要的，因为在安装时，我对conda init说了“是”）

重新安装的miniconda3（下载后和安装前，请确保您执行SHA256测试以确保文件完整性-我的第一次下载已损坏）


使用下面的
.yaml
创建了一个新环境
asd
。本练习的目标是使用
rpy2
和
pybrms
使R和Python相互协作


在仍然处于（基本）状态时，$prompt I source使用激活了新环境
然后我直接从conda forge
R-v8
、
R-rcpp
和
R-rcpparmadillo
安装了以下3个R软件包
在（asd）$提示符下，我用
（asd）$R
启动了R，以进入R提示符并运行
这是我在过去3天中执行的测试，测试conda环境中的R如何访问内置gcc编译器而不是系统编译器

我在R提示符下使用quit（）退出R
quit（）

返回
（asd）$
提示符以安装更多R软件包
这将安装一大堆R库

作为一个新操作系统（Linux Ubuntu）上的Anaconda、R和Python的新用户，这同样令人沮丧和收获。我希望这对其他新用户有用。
步骤1：在主目录中查找x86_64-conda-linux-gnu-c++

[showteth@localhost ~] find ~ -name "x86_64-conda-linux-gnu-c++"
/home/showteth/anaconda3/envs/r351/bin/x86_64-conda-linux-gnu-c++

echo 'PATH=${PATH}:/home/showteth/anaconda3/envs/r351/bin' >> .Renviron

步骤2：将
/home/showtethe/anaconda3/envs/r351/bin
添加到
.Renviron
（在您的主目录中）

步骤3：重新启动rstudio服务器，使配置生效
感谢您的建议。在我发布到这里之后，我开始探索Conda forge上的R软件包。我还没有开始安装，但你的反馈是一个很好的确认。自从我最近开始使用Ubuntu，我想
name: asd
channels:
  - conda-forge   # @merv had mentioned as best source for R related stuff
  - defaults      # only conda-forge has R-base=4.0.3 so defaults are second
  - dependencies: # this is where I added the gcc suite of libraries per @merv
  - python=3.6.11
  - libcurl
  - libv8
  - libgcc-ng  # gcc c
  - libgfortran-ng # gcc fortran
  - libgfortran4   # gcc fortran
  - libglib        # also needed for gcc (I could be wrong)
  - libstdcxx-ng   # gcc c++ / g++
  - conda
  - pip
  - wheel
  - r-base=4.0.3   # default channels only go as high as R-base=3.6.1.
  - pip:
      - rpy2==3.3.6
      - pybrms==0.0.33

(base) $ source activate asd # this changes the prompt to (asd) $ 

(asd) $ conda install -c conda-forge r-v8  # repeat for r-rcpp & r-rcpparmadillo

install.packages("bayesm")  # this was a package from CRAN that was failing compilation as a source package

(asd) $ conda install -c conda-forge boost-cpp # prerequisite for r-bh

(asd) $ conda install -c conda-forge r-bh # prerequisite for r-brms

[showteth@localhost ~] find ~ -name "x86_64-conda-linux-gnu-c++"
/home/showteth/anaconda3/envs/r351/bin/x86_64-conda-linux-gnu-c++

echo 'PATH=${PATH}:/home/showteth/anaconda3/envs/r351/bin' >> .Renviron