File For循环：处理不同UNIX文件夹中的文件

我试图从类似的话题中找到我问题的答案，但没有成功。也许我忽略了。感谢您的帮助

因此，在我当前的目录中有数百个文件夹，名为folder1000到folder1500。在每个文件夹中，我都有一个名为Lib1.fastq、Lib2.fastq等的.fastq文件。我希望通过运行shell脚本在一个循环命令中处理这些文件

下面是我的shell script script.sh，它为一个文件创建输出，然后在终端中运行该输出：

#!/bin/sh
bowtie --threads 4 -v 2 -m 10 -a genome Lib1.fastq --sam > Lib1.sam
samtools view -h -o Lib1.sam Lib1.bam
sort -k 3,3 -k 4,4n Lib1.sam > Lib1.sam.sorted
# ...etc

这是我试图在shell脚本中进行的循环，我仅从一个简单的checking head命令开始，并且仅从我当前目录运行的5个文件夹开始，其中所有文件夹都位于：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
head -10 *.fastq
done

但结果我得到：

head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory

因此，在循环中，即使是一个简单的检查命令也不适用于我。不知怎的，我看不见这个文件。但如果我直接在其中一个文件夹中运行该命令：

MacBook-Air-Maxim:folder1000 maxim$ head -10 *.fastq

然后我得到正确的结果，显示文件的前10行

有谁能建议以最方便的方式处理所有文件吗

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非常感谢，非常抱歉，我只是在学习。

您正在使用变量$file遍历文件夹，但是您没有在循环体中使用此变量。只要使用它：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
    head -10 $file/*.fastq
done

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整个问题中还有其他问题，但这是阻止你前进的关键点的答案。让我们逐一解决这些问题：-

嗨！非常感谢@Poshi！这管用！你们是对的，还有大量的事情要做。有趣的是。它运行head命令，但当我在head命令之后使用下一个命令时，它说它找不到文件-head:./folder1000/*。fastq：没有这样的文件或目录stat：没有这样的文件或目录我很好奇，也许整个策略不正确，有更好的方法来组织它。。。因为这样我必须导入每个文件夹中的所有其他支持文件，才能真正运行代码，所以我不确定实际发生了什么。在我看来，该文件处于受限访问或smth下。它显示对齐读取的数量，然后表示找不到。错误消息之一是：警告：无法打开读取文件。/folder1000/*.fastq进行读取；正在跳过…没有这样的文件与无法打开文件进行读取完全不同。它们是不同的问题。我建议你学习一些关于Linux基础知识、命令行和文件系统的入门课程；不要重复$i；完成