如何让rJava在osx上使用较新版本的java？

以下是关于rJava的本教程：

我制作了教程中指定的所有文件并安装了helloJavaWorld包，但一旦运行helloJavaWorld（）函数，它就会抱怨：

> helloJavaWorld()
Error in .jnew("HelloJavaWorld") :
  java.lang.UnsupportedClassVersionError: HelloJavaWorld : Unsupported major.minor version 52.0

因此，我尝试检查rJava使用的java版本：

.jinit()
jvm = .jnew("java.lang.System")
jvm.props = jvm$getProperties()$toString()
jvm.props <- strsplit(gsub("\\{(.*)}", "\\1", jvm.props), ", ")[[1]]
jvm.props

 [1] "java.runtime.name=Java(TM) SE Runtime Environment"
 [2] "sun.boot.library.path=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Libraries"
 [3] "java.vm.version=20.65-b04-466.1"
 [4] "awt.nativeDoubleBuffering=true"
 [5] "gopherProxySet=false"
 [6] "mrj.build=11M4716"
 [7] "java.vm.vendor=Apple Inc."
 [8] "java.vendor.url=http://www.apple.com/"
 [9] "path.separator=:"
[10] "java.vm.name=Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM"
[11] "file.encoding.pkg=sun.io"
[12] "user.country=US"
[13] "sun.os.patch.level=unknown"
[14] "java.vm.specification.name=Java Virtual Machine Specification"
[15] "user.dir=/private/tmp"
[16] "java.runtime.version=1.6.0_65-b14-466.1-11M4716"
[17] "java.awt.graphicsenv=apple.awt.CGraphicsEnvironment"
[18] "java.endorsed.dirs=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/lib/endorsed"
[19] "os.arch=x86_64"
[20] "java.io.tmpdir=/var/folders/5d/44ctbbln4dsflgzxph1dm8wr0000gn/T/"
[21] "line.separator=\n"
[22] "java.vm.specification.vendor=Sun Microsystems Inc."
[23] "os.name=Mac OS X"
[24] "sun.jnu.encoding=MacRoman"
[25] "java.library.path=.:/Users/kaiyin/Library/Java/Extensions:/Library/Java/Extensions:/System/Library/Java/Extensions:/usr/lib/java"
[26] "java.specification.name=Java Platform API Specification"
[27] "java.class.version=50.0"
[28] "sun.management.compiler=HotSpot 64-Bit Tiered Compilers"
[29] "os.version=10.10"
[30] "http.nonProxyHosts=local|*.local|169.254/16|*.169.254/16"
[31] "user.home=/Users/kaiyin"
[32] "user.timezone="
[33] "java.awt.printerjob=apple.awt.CPrinterJob"
[34] "file.encoding=MacRoman"
[35] "java.specification.version=1.6"
[36] "java.class.path=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rJava/java/boot:/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/helloJavaWorld/java"
[37] "user.name=kaiyin"
[38] "java.vm.specification.version=1.0"
[39] "java.home=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home"
[40] "sun.arch.data.model=64"
[41] "user.language=en"
[42] "java.specification.vendor=Sun Microsystems Inc."
[43] "awt.toolkit=apple.awt.CToolkit"
[44] "java.vm.info=mixed mode"
[45] "java.version=1.6.0_65"
[46] "java.ext.dirs=/Users/kaiyin/Library/Java/Extensions:/Library/Java/Extensions:/System/Library/Java/Extensions:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/lib/ext"
[47] "sun.boot.class.path=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/jsfd.jar:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/classes.jar:/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Frameworks/JavaRuntimeSupport.framework/Resources/Java/JavaRuntimeSupport.jar:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/ui.jar:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/laf.jar:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/sunrsasign.jar:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/jsse.jar:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/jce.jar:/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Classes/charsets.jar"
[48] "java.awt.headless=true"
[49] "java.vendor=Apple Inc."
[50] "file.separator=/"
[51] "java.vendor.url.bug=http://bugreport.apple.com/"
[52] "sun.io.unicode.encoding=UnicodeLittle"
[53] "sun.cpu.endian=little"
[54] "mrj.version=1070.1.6.0_65-466.1"
[55] "socksNonProxyHosts=local|*.local|169.254/16|*.169.254/16"
[56] "ftp.nonProxyHosts=local|*.local|169.254/16|*.169.254/16"
[57] "sun.cpu.isalist="

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/etc/javaconf的内容

## Versions from settings when configure was run
: ${JAVA_HOME=}
: ${JAVA_CPPFLAGS=~autodetect~}
: ${JAVA_LD_LIBRARY_PATH=~autodetect~}
: ${JAVA_LIBS=~autodetect~}

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/etc/ldpaths的内容

➜  etc  cat ldpaths
: ${JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre}
: ${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/lib/server}
if test -n ""; then
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:}
else
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib}
fi
if test -n "${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH}"; then
  R_LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}:${R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH}"
fi
## This is DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH on Darwin (OS X) and LD_LIBRARY_PATH elsewhere
if test -z "${DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH}"; then
  DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}"
else
  DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}:${DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH}"
fi
export DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH

---

我通过在RForge上安装最新的源程序包解决了这个问题：

在R中：

---

我也有类似的问题，但这个解决方案对我不起作用。我最终让它工作了，但现在我不确定我改变的哪些东西解决了问题。以下是我所做的：

我在我的

.bash\u配置文件中添加了以下行：

export JAVA_HOME="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre"
export LD_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/lib/server 
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

我在R中设置了我的

java.home

选项和我的

DYLD\u FALLBACK\u LIBRARY\u PATH

环境变量：

options(java.home="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk")
Sys.setenv(DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/")

为了以防万一，我重新安装了苹果版本的Java 1.6，按照以下发布线程：

我重新配置了R的java设置。在Bash中：

R CMD javareconf

我以root用户身份运行R，然后从源代码直接从RForge安装rJava。在Bash中：

sudor

。然后在R会话中：

install.packages（'rJava'，'http://www.rforge.net/）

从源代码安装对于rJava了解R的新Java设置至关重要。当我没有从源代码安装时，rJava会安装ok，但它会继续使用JRE 1.6。您可以通过运行以下命令来检查JRE rJava使用了哪些JRE：

library(rJava)
.jinit()
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")

以root用户身份运行R对于从RForge源代码正确安装rJava至关重要。当我试图运行

install.packages（'rJava'，'http://www.rforge.net/）

作为用户，我收到以下错误消息：

• 如果在命令行中运行R，rJava将无法正确安装：

  checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
  ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
  

• 如果从Finder将R作为应用程序运行，rJava将安装但不加载：

  > library(rJava) 
  Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:  
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): 
  Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib 
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so 
  Reason: image not found 
  Error: package or namespace load failed for ‘rJava’
  

希望这个答案能为其他人节省一些时间

编辑添加：我的两位教授按照这些说明操作，遇到了以下问题：rJava在命令行中运行R时可以工作，但在运行RStudio或默认Mac R应用程序时无法加载

找到了解决办法。他写道：

显然，RStudio抱怨必须使用苹果用来打开应用程序的默认用户/目录

本文描述了它：

[要解决此问题]请转到命令行并键入：

open-a rstudio

或

open-a R

编辑第二条：我刚刚在一台学校电脑上安装了rJava，运行Ubuntu 14.04.4 LTS（64位）。当以root用户身份运行R时，我能够安装rJava。然而，当我尝试以用户身份运行R并加载包时，我得到了一个全新的加载错误：

> library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
    error: unable to load shared object '/home/lizziesilver/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava/libs/rJava.so':
    libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
  Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

我查了一下目录；rJava，确实存在。结果是我没有相应的权限：

...$ ls -l /home/lizziesilver/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava/libs/rJava.so
-rwxr-xr-x 1 root root 353325 Feb 26 16:58 /usr/lib/R/library/rJava/libs/rJava.so

因此，我更改了权限：

sudo chmod-ra+rX/home/lizziesilver/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava/

然后重新配置R的java设置：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-8-oracle/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server
sudo R CMD javareconf

现在rJava加载，即使以用户而不是root用户身份运行R

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rJava：不断给出（配置错误）的包这里有一个对我来说非常有效的解决方案：

在终端运行中： R CMD javareconf

从输出中获取JAVA_主路径和JAVA库路径 范例

JAVA_HOME:/Library/JAVA/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/HOME/jre Java库路径：$（Java_HOME）/lib/server JNI cpp标志：-I$（JAVA\u HOME）/../include-I$（JAVA\u HOME）/../include/darwin JNI链接器标志：-L$（JAVA_HOME）/lib/server-ljvm 在/Library/Frameworks/R.framework/Resources中更新Java配置

然后，确保没有RStudio的打开实例。我们将创建一个别名，该别名将以最新java版本的正确路径打开RStudio。把这个放在你的队伍里

别名rstudio=“DYLD\u FALLBACK\u LIBRARY\u PATH=/LIBRARY/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0\u 65.jdk/Contents/Home/jre/lib/server open-a rstudio”

在终端中键入rstudio

完成了！Rstudio将指向正确的java版本打开

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关于rJava，有很多相互矛盾的信息。我对这些答案的担心是，一旦你开始玩弄

JAVA\u HOME

变量，你就有可能完全破坏JAVA安装——解决方案可能比疾病更糟糕。如果你有rJava问题，这里有一个简单的“无害”的方法

1） 在终端中，运行

R CMD javareconf

。这是一个由R Core编写的脚本，它将“检测当前的Java设置并更新R中相应的配置。”看看内部结构

2） 从源代码处重新安装rJava<代码>安装程序包（“rJava”，type=“source”）

3） 从命令行打开R。加载rJava。从命令行（）打开RStudio。加载rJava。你也会犯同样的错误吗？如果不是的话，那太好了——你越来越暖和了！您已将您的问题与RStudio隔离，而不是R本身

4） RStudio和rJava有一些问题，涉及到-事实上，你知道吗，我甚至不打算试着完成那句话，因为坦率地说，这比我的工资等级高。动态库

网上有很多关于这方面的文章（，，）。我最喜欢的标题是

您的里程数可能会有所不同，但为了让RStudio玩得更好，我只需要回答一行代码，它所做的就是创建一个符号链接。无需更改权限，无需修改环境变量-只需一个简单的符号链接

如果这对你不起作用，我建议你阅读

> library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
    error: unable to load shared object '/home/lizziesilver/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava/libs/rJava.so':
    libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
  Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

...$ ls -l /home/lizziesilver/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava/libs/rJava.so
-rwxr-xr-x 1 root root 353325 Feb 26 16:58 /usr/lib/R/library/rJava/libs/rJava.so

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-8-oracle/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server
sudo R CMD javareconf