Javascript 如何在d3.js中将FASTA读入dataframe并提取FASTA文件的子序列

我有一个小的fasta DNA序列文件，看起来像这样：

序列1>
ACATATTGGAGGCGAAACATGAGGGTGACTCACTCAGTATCAC

序列2>
CTAACCTCTCGCAGTGGACCTCTATCCTCATGAGAAGCTGGATGAG

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问题:

如何在d3.js中解析它？

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• 比如从fasta格式存储的100个序列中计算平均序列，以及如何像d3中的2D对象一样捕捉它

2.如何在（开始、结束）位置提取子序列

1.如何在d3.js中解析

D3.js是一个JavaScript（查看“js”）库，用于根据数据操作文档。因此，归根结底，D3是javascript，没有核酸序列的“解析”功能

关于D3（实际上是关于JavaScript），您可以将DNA序列作为字符串处理：

"ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC..."

或作为数组：

["A", "C", "A", "T", "A"...]

或者，以一种笨拙的方式，作为一组对象：

[{position:1, base:"A"}, {position:2, base:"B"}...]

这取决于你。FASTA是基于文本的，这意味着我们将把数据作为字符串处理（第一个选项）

2.如何在（开始、结束）位置提取子序列

由于D3是一个javascript库，因此必须使用javascript方法处理字符串

例如，要查找序列中起始（TAC，对应于UAG密码子）三联体的位置，可以使用

indexOf

：

var sequence=“acatactggaggcgaacaatgaggtgatcaacctcagtatatcac”；
var start=“TAC”；
console.log（sequence.indexOf（start））

请描述您想要实现的目标，您迄今为止尝试了什么，以及您的问题到底是什么。这是什么意思“解析到d3.js”你想用它显示什么样的图表等等…比如从fasta格式存储的100个序列中计算平均序列，以及如何像d3中的2D对象一样捕获它。我不明白该怎么做，我只想在javascript@Gerardo中这样做