我无法用perl打开要写入的新文件

我已经查看了几个链接和其他问题，试图找到一个解决方案，但我仍然无法打开我试图打开的文件。这是我无法使用的代码块：

$filename = "Related Traits: Chromosome 1";
open ($output1, ">", "gwasfiles4/$filename".".txt");
$length1 = scalar(@chr1);
if ($length1 > 1) {
    @chr1 = sort {$a <=> $b} @chr1;
    for ($x = 0; $x <= $length1; $x++){
        for ($y = $x + 1; $y <= $length1 - 1; $y++){
            if (abs($chr1[$x] - $chr1[$y]) < 500000){
                print $output1 "$chr1[$x]\t$chr1[$y]\n";
            }
        }
    }
}

为什么文件没有打开

文件现在打开时包含以下内容，但为空：

my @chr1;
my $filename = "Related_Traits_Chromosome_1_$ARGV[0]";
open (my $output1, '>', "gwasfiles4/$filename") or die $!;
my $length1 = scalar(@chr1);
if ($length1 > 1) {
    @chr1 = sort {$a <=> $b} @chr1;
    for (my $x = 0; $x <= $length1; $x++){
        for (my $y = $x + 1; $y <= $length1 - 1; $y++){
            if (abs($chr1[$x] - $chr1[$y]) < 500000){
                print $output1 "$chr1[$x]\t$chr1[$y]\n";
            }
        }
    }
}

严格使用；并使用警告；应该始终在程序的开始处。首先修复它们生成的错误，您将获得更好的代码

同样-您应该检查open中的错误代码：

这将打印open失败时生成的错误。我猜可能是gwasfiles4不存在，或者您的操作系统不喜欢带有嵌入式：

如果严格的警告没有足够的帮助，使用诊断；将为您提供有关该问题的另一层信息

autodie特别有用-它可以将其放入或死$！自动在每个open语句后面添加行。除此之外还有其他一些事情

作为一个风格点，我建议在打印时将您的词法文件句柄括在{}中，因为这非常清楚地表明它是一个文件句柄

print {$output1} "$chr1[$x]\t$chr1[$y]\n";

编辑：

更改后，您会遇到完全不同的问题：

my @chr1;                    #create empty array
my $length1 = scalar(@chr1); # scalar here takes length, array is empty, therefore length is _always_ zero. 
if ($length1 > 1) {          #therefore never happens

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我建议要么gwasfiles4目录不存在，要么您正在使用不允许冒号的Windows系统：在其文件名中使用autodie；使用诊断；我应该把它放在哪里？打开我的$output1，>，gwasfiles4/$filename.txt或死$！；。同时，严格使用；并使用警告；在脚本的顶部，并修复它们产生的任何错误/警告。独自尝试比询问花费的时间更少。您显示的代码不会生成该警告。请在第94行周围显示代码，其中应包含警告中提到的文件句柄print$output，而不是print$output1完全不同的文件句柄。使用单引号时，$filename将不会被插入。我犯了同样的错误；我在代码的前面有严格的警告，这个块大约在第100行。我尝试了这个，它打开了文件，但文件是空的，不应该是空的。下面是我使用的确切代码：$filename=Related_Traits_chromose_1_$ARGV[0]；打开我的$output1，'>'，gwasfiles4/$filename或die$！；my$length1=scalarmy@chr1；如果$length1>1{@chr1=sort{$a$b}@chr1；对于我的$x=0；$x可能值得编辑到您的问题中，而不是作为评论发布。@Jack scalarmy@foo将始终为零。您的if语句中没有任何内容将运行。gwasfiles4确实存在，我在mac上使用文本wrangler，请您再次检查问题，我编辑了它。Thanks@Jack：正如其他人所说，$length1在该代码中始终为零，因此您的if块将永远不会执行，但在这种情况下-您也无法获得对关闭的filehandle的打印。为什么$length1始终为零，我如何解决此问题？@Sobrique打印可能在OP未显示的代码中稍后发生。请注意，错误消息提到filehandle$output，而在他们的代码段中打印使用$output1。

print {$output1} "$chr1[$x]\t$chr1[$y]\n";

my @chr1;                    #create empty array
my $length1 = scalar(@chr1); # scalar here takes length, array is empty, therefore length is _always_ zero. 
if ($length1 > 1) {          #therefore never happens