Python 2.7 基于组合扩展的结构对齐

我正试图找到一种工具，利用组合扩展（CE）对给定残基的两个序列执行结构对齐。我发现了一个基于蛋白质数据库提供的组合扩展的工具：

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然而，我想知道是否有任何python模块或类可以实现结构到结构的对齐。我在Bio.PDB中找到了结构对齐工具，但文档记录得很差。是否有任何python模块或库实现此方法？谢谢。

[不适合作为评论]

我怀疑这个包裹是否存在。在这里，您必须自己动手：在控制台中试验该命令，然后将其放入

subprocess.Popen（）

。包装纸不会使你免于工作

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline

muscle_cline = MuscleCommandline(input="opuntia.fasta")
stdout, stderr = muscle_cline()

align = AlignIO.read(stdout, "fasta")

与以下内容大致相同：

import subprocess

proc = subprocess.Popen(["muscle", "-in", "opuntia.fasta"],
                        stdout=subprocess.PIPE,
                        stderr=subprocess.PIPE)

align = AlignIO.read(proc.stdout, "fasta")

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如果您将此代码放在一个更大的应用程序中（如Bioedit中的外部命令），您可以断言用户输入符合wrapped命令期望的值，或者如果存在必需的标志。。。这就是包装器的亮点。

您最好的选择是通过子流程使用jfatcat。Biopython到处都这样做（blast、clustal、MURCE、Tcoffee等的包装）是否提供了关于Jfatcat和Jce（组合扩展）包装的任何文档？我假设它在Biopython的PDB工具中。。。就像在Bio.PDB中一样。----但我似乎找不到它。谢谢。我明白了，我会试着把这些应用程序放在一个子流程中。我看看我能做什么。非常感谢。