Python 2.7 使用Biopython Phylo重命名为无的终端

我一直在使用Biopython将一些氨基酸序列与Clustal Omega对齐，然后导入生成的树

from Bio.Align.Applications import ClustalOmegaCommandline
from Bio import AlignIO
from Bio import Phylo

clustalomega_cline = ClustalOmegaCommandline('/path/to/clustalo', infile=in_file, \
    outfile=out_file, log = log_file, guidetree_out = guidetree_file, verbose=True, \
    auto=True, force=True)
clustalomega_cline()
align = AlignIO.read(out_file, "fasta")
tree = Phylo.read(guidetree_file, "newick")
Phylo.draw(tree)

print [record.id for record in align if record.id  not in \
        [terminal.name for terminal in tree.get_terminals()]]

>['CTX-M-3', 'CTX-M-4', 'CTX-M-5', 'CTX-M-11', 'CTX-M-15', 'CTX-M-133']

print [terminal.name for terminal in tree.get_terminals() if \
        terminal.name == None]

>[None, None, None, None, None, None]

因此，导入的树现在有一些名为None的叶子/终端，并且缺少同等数量的命名叶子

我试着查看由clustalo格式化的树的文件，发现被重命名为none的基因后面总是有-0，例如：

,
(
(
CTX-M-4:-0
,
CTX-M-5:-0
):0.00171644
,
CTX-M-76:0.00171644
):0.00432852

-0s是什么意思？我如何修复它，以便所有终端都命名

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作为旁注，当我用DNA序列填充fasta文件以对齐并导入该树时，似乎不会发生这种情况。

如果删除if-terminal.name==None，则打印那些没有的termina.name，您将获得所有名称，或者如果terminal.name！=重点是不应该有任何未命名的终端。Clustalo通过python从相同的序列输入fasta创建了一个对齐fasta文件和一个newick树。将命名newick文件中的所有终端节点。这些print语句显示，当我使用biopython导入这些节点时，树中有6个终端节点被重命名为None。在newick文件中查找-0并将其替换为0似乎可以解决此问题。恼人和奇怪，但哦，好吧！那你查过biopython密码了吗？如果可以，我会试试，但我什么也不答应