Python 3.x 生物物理学与检索杂志'；她的全名_Python 3.x_Biopython_Pubmed

Python 3.x 生物物理学与检索杂志'；她的全名

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Python 3.x 生物物理学与检索杂志'；她的全名,python-3.x,biopython,pubmed,Python 3.x,Biopython,Pubmed,我正在使用Biopython和Python3.x从PubMed数据库进行搜索。我得到了正确的搜索结果，但接下来我需要提取搜索结果的所有期刊名称（全名，而不仅仅是缩写）。目前我正在使用以下代码： from Bio import Entrez from Bio import Medline Entrez.email = "my_email@gmail.com" handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="search_term", retmax=20) r

我正在使用Biopython和Python3.x从PubMed数据库进行搜索。我得到了正确的搜索结果，但接下来我需要提取搜索结果的所有期刊名称（全名，而不仅仅是缩写）。目前我正在使用以下代码：

from Bio import Entrez
from Bio import Medline

Entrez.email = "my_email@gmail.com"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="search_term", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

idlist = record["IdList"]

records = list(records)

for record in records:
    print("source:", record.get("SO", "?"))

所以这很好，但是record.get（“So”），“？”）只返回期刊的缩写（例如，N Engl J Med，而不是新英格兰医学杂志）。根据我在手动PubMed搜索中的经验，您可以使用缩写或全名进行搜索，PubMed将以相同的方式处理这些内容，因此我想是否还有一些参数可以获取全名

所以这很好，但是record.get（“So”），“？”）只返回日志的缩写

不，没有。由于以下原因，它甚至无法运行：

records = list(records)

未定义as

记录

。即使你解决了这个问题，你从以下方面得到的一切：

idlist = record["IdList"]

是一个数字列表，如：

['17510654'，'2246389']

，打算通过

Entrez.efetch（）

调用传回以获取实际数据。因此，当您对其中一个数字字符串执行

record.get（“So”，“？”）

时，您的代码（再次）爆炸

首先，将

“SO”

字段缩写定义为返回日记标题缩写（TA），作为其返回内容的一部分。您可能希望使用中定义的

“JT”

期刊标题。但这两者都与查找无关

下面是对代码的修改，以获得文章标题及其所在期刊的标题：

from Bio import Entrez

Entrez.email = "my_email@gmail.com"  # change this to be your email address
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="cancer AND wombats", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

for identifier in record['IdList']:
    pubmed_entry = Entrez.efetch(db="pubmed", id=identifier, retmode="xml")
    result = Entrez.read(pubmed_entry)
    article = result['PubmedArticle'][0]['MedlineCitation']['Article']

    print('"{}" in "{}"'.format(article['ArticleTitle'], article['Journal']['Title']))

输出

> python3 test.py
"Of wombats and whales: telomere tales in Madrid. Conference on telomeres and telomerase." in "EMBO reports"
"Spontaneous proliferations in Australian marsupials--a survey and review. 1. Macropods, koalas, wombats, possums and gliders." in "Journal of comparative pathology"
>

详细信息可在文档中找到：