计算python中的间隙数

如何计算序列中的间隙数：

例如：

s1='G _ A A T T C A G T T A'
s2='G G _ A _ T C _ G _ _ A'
s3='G A A T T C A G T _ T _'

她的

'

号码是8

我尝试以下方法：

def count():
    gap=0
    for i in range(0, len(s1), 3):
        for x,y,z in zip(s1,s2,s3):
            if (x=='_') or (y=='_')or (z=='_') :
                gap=gap+1
        return gap

它给出了6个而不是8个具有count（）方法的字符串：

---

位于第10位的两个

\uu

仅计数两次。你应该得到7分，而不是6分

---

简单的解决方案是

sum（[s1，s2，s3]]中项目的[item.count（“”））

您的代码返回7，它是所有下划线的总计数减去从第三位到最后一位的额外下划线。您可以通过删除或测试（在找到匹配项时使测试短路）来修复此问题

还要注意的是，不需要将邮政编码增加三倍，也不需要以三倍的步幅循环

以下是原始代码的清理版本：

def count():
    gap=0
    for x,y,z in zip(s1,s2,s3):
        if (x == '_'):               # these if-stmts don't short-circuit
            gap += 1
        if (y == '_'):
            gap += 1
        if (z == '_'):
            gap += 1
    return gap

还有其他更快的方法（即str.count方法），但我想向您展示如何修复和清理原始逻辑。当你做其他分析时，这应该让你走上正确的轨道

def count():
    gap=0
    for x,y,z in zip(s1,s2,s3):
        if (x == '_'):               # these if-stmts don't short-circuit
            gap += 1
        if (y == '_'):
            gap += 1
        if (z == '_'):
            gap += 1
    return gap