Python 为什么PDBParser无法读取所有fpocket输出文件？

我用fpocket在我的PDB蛋白质结构中找到口袋。输出是口袋

pocket0_atm.pdb

，

pocket1_atm.pdb

等的有序列表。一些文件被读取到

Bio.pdb.PDBParser

。其他人则以“断言错误”的方式失败

尝试比较有效的.pdb文件和失败的.pdb文件并没有显示出一致的差异。有什么想法吗

下面是给我带来麻烦的相关代码部分：

def get_pdb_limits(pdb_file):
    ''' Return the X,Y,Z size limits of a PDB file. '''
    p = PDB.PDBParser()
    structure = p.get_structure('test', pdb_file)

---

如果没有stacktrace，就不可能真正知道您的问题是什么。但是，

PDB.PDBParser

是为了容忍和补偿PDB文件中的一些错误而构建的。尝试将

PERMISSIVE

设置为True，如下所示，然后查看是否仍有错误

p = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1)
p.get_structure("pdb_id", pdb_file)

---

根据pocketx_atm.pdb文件，该文件仅包含与用于提取口袋的球体接触的原子。换句话说，pocket文件不包含完整的残留物，这可能是解析中出现问题的原因。

断言错误是什么？你能给我们看一些代码，可能还有堆栈跟踪吗？这是有问题的部分：

def get_pdb_limits（pdb_文件）：“返回pdb文件的X、Y、Z大小限制。”p=PDB.PDBParser（）x_min，x_max=None，None y_min，y_max=None，None z_min，z_max=None，None structure=p.get_structure（'test'，PDB_file）

但是我们有一个解决方案，可以查看fpocket输出中的原子行。谢谢你，AntC。以后，只需编辑您的帖子！我已经为你做了，但是你应该在这里添加这些信息。在这种情况下，stacktrace是最重要的部分。如果我的回答不能解决您的问题，请张贴您得到的具体错误。