Python 编译.pyx文件时缺少numpy/arrayobject.h

从Enthough安装顶棚。在构建我的

.pyx

文件时，我遇到了这个错误（后面是更多错误）

我是否需要轻松安装其他软件包以获得“开发”版本，从而获得

.h

文件

gcc -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch x86_64 -DNDEBUG -g -O3 -arch x86_64 -I/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.1.0.1371.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7 -c tsBinner.c -o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/tsBinner.o
tsBinner.c:314:31: error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory
tsBinner.c:315:31: error: numpy/ufuncobject.h: No such file or directory

更多上下文 这可以在几个Linux安装下编译和运行，但不适用于我最近安装的Canopy发行版python

下面是setup.py的内容

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

ext_modules = [Extension("tsBinner",["tsBinner.pyx"])]

setup(
  name ='time stamp binner',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules 
)

下面是tsBinner.py的内容

from __future__ import division
import numpy as np
cimport numpy as np

#cimport cython
#@cython.boundscheck(False)
def tsBinner(np.ndarray[np.uint64_t, ndim=1] tstamps, \
    np.ndarray[np.int_t, ndim=1] bins):
    """
    bin the values of the tstamps array into the bins array.

    tstamps array is of type np.uint64

    bins array is of type int
    """
    cdef int nTStamps = tstamps.shape[0]
    cdef int iTStamp
    for iTStamp in range(nTStamps):
        bins[tstamps[iTStamp]] += 1
    return

以下是python和gcc的版本

mac-119562:cosmic stoughto$ which python
/Users/stoughto/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/bin/python
mac-119562:cosmic stoughto$ which gcc
/usr/bin/gcc
mac-119562:cosmic stoughto$ gcc --version
i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2 (GCC) 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build     2336.11.00)
Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

mac-119562:cosmic stoughto$ python --version
Python 2.7.3 --  64-bit 

---

在MacBook Pro Mac OS X 10.7.5版上运行时，可以在setup.py中使用以下参数告诉编译器包含头文件所在的目录：

ext_modules = [Extension("tsBinner",["tsBinner.pyx"],
              include_dirs = ["/full/path/python2.7/site-packages/numpy/core/include/"])];

---

这是所有树冠分布中都存在的问题。下面的答案适用于Mac。在Linux和Windows中做什么应该是相当明显的；文件夹只是略有不同

---

生成.c文件后，setup.py文件会自动为您运行以下命令

gcc -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch x86_64 -DNDEBUG -g -O3 -arch x86_64 -I/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.1.0.1371.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7 -c MyCythonCode.c -o build/temp.macosx-10.6-x86_64-2.7/MyCythonCode.o

然后您会得到关于丢失的.h文件的错误：

arrayobject.h

和

ufunobject.h

查看上面的代码，特别是

-I

选项，问题在于gcc正在以下位置查找这些文件：

/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.1.0.1371.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/include/python2.7

在终端窗口中键入以下内容，以查找这些文件的位置：

find /Applications/ -name "ufuncobject.h"

在我的Mac电脑上安装雨篷时，它们出现在几个地方。我感兴趣的位置是最新的Canopy更新的文件夹（我是1.1.0.1371）。因此，对于我来说，这些文件位于：

/Applications//Canopy.app/appdata/canopy-1.1.0.1371.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ufuncobject.h

请注意，错误消息要求在名为

numpy

的文件夹中提供两个文件。如果只是复制有问题的两个文件，则会遇到更多错误。复制整个

numpy

文件夹，在本例中是位于以下位置的文件夹（比以前多了一个文件夹）：

将此文件夹粘贴到编译器正在查找的文件夹中（即上面列出的

-i

选项）。就我而言，这是：

/Applications//Canopy.app/appdata/canopy-1.1.0.1371.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/lib/python2.7/

现在再次尝试运行安装文件。应该没问题

我总是发现这是一个令人兴奋的问题。尽管环境保护署（EPD）和天篷（Canopy）都很棒，但每次都必须手动修复，这真是一件痛苦的事

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希望这能有所帮助。

这是一个相当古老的问题，但它是一个常见的问题，其他答案都很糟糕。硬连线numpy的include目录完全破坏了虚拟环境，使软件包很难自动分发和安装。解决此问题的正确方法是使用

numpy.get_include（）

获取与当前加载的numpy版本关联的目录。这显示在对类似问题的回答中。

setup.py

如下所示：

import numpy
setup(
  name ='time stamp binner',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules,
  include_dirs = [numpy.get_include()] #Include directory not hard-wired
)

---

更多的上下文会更好。我有同样的问题，你必须在你的gcc命令中包含

-I../site packages/numpy/core/include

。你可以尝试从

numpy.distutils.core

导入，而不是

distutils.core

，不确定这是否会有什么不同。Jaime，很抱歉，更改导入不起作用。Saullo，谢谢，那很有帮助。在运行命令“python setup.py buils_ext--inplace”之前，我通过将环境变量CPATH设置为/Users/../site packages/numpy/core来实现这一点。是否有一种方法可以包含逻辑（在setup.py中？）以使其更具可移植性？

import numpy
setup(
  name ='time stamp binner',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules,
  include_dirs = [numpy.get_include()] #Include directory not hard-wired
)