Python 从邻接列表创建邻接矩阵

我有两列的下一个DF

A   x
A   y
A   z
B   x
B   w
C   x
C   w
C   i

我想生成这样的邻接矩阵（计算交点）

我有下一个代码，但不起作用：

import pandas as pd

df = pd.read_csv('lista.csv')
drugs = pd.read_csv('drugs.csv')
drugs = drugs['Drug'].tolist()
df = pd.crosstab(df.Drug, df.Gene)
df = df.reindex(index=drugs, columns=drugs)

如何获得邻接矩阵

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谢谢

尝试在第2列上进行自合并，然后进行交叉表：

s = df.merge(df,on='col2').query('col1_x != col1_y')
pd.crosstab(s['col1_x'], s['col1_y'])

输出：

col1_y  A  B  C
col1_x         
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

>>> df
Drug_y  A  B  C
Drug_x
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

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尝试在第2列上进行自合并，然后进行交叉表：

s = df.merge(df,on='col2').query('col1_x != col1_y')
pd.crosstab(s['col1_x'], s['col1_y'])

输出：

col1_y  A  B  C
col1_x         
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

>>> df
Drug_y  A  B  C
Drug_x
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

输入：

在交叉表前面的gene上合并，并用零填充对角线

df = pd.merge(drugs, drugs, on="Gene")
df = pd.crosstab(df["Drug_x"], df["Drug_y"])
np.fill_diagonal(df.values, 0)

输出：

col1_y  A  B  C
col1_x         
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

>>> df
Drug_y  A  B  C
Drug_x
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

输入：

在交叉表前面的gene上合并，并用零填充对角线

df = pd.merge(drugs, drugs, on="Gene")
df = pd.crosstab(df["Drug_x"], df["Drug_y"])
np.fill_diagonal(df.values, 0)

输出：

col1_y  A  B  C
col1_x         
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

>>> df
Drug_y  A  B  C
Drug_x
A       0  1  1
B       1  0  2
C       1  2  0

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优雅，谢谢！优雅，谢谢！