Python Snakemake目录中缺少输入文件

我正在尝试为管道编写脚本，但在从目录声明规则输入时遇到问题

我的代码包含以下部分：

rule taco:
    input:
            all_gtf = GTF_DIR + "path_samplesGTF.txt"
    output:
            taco_out = TACO_DIR
    shell:
            "taco_run -v -p 20  -o {output.taco_out} \
            --filter-min-expr 1 --gtf-expr-attr RPKM {input.all_gtf}"

rule feelnc_filter:
    input:
           assembly = TACO_DIR + "assembly.gtf",
           annotation = GTF
    output:
           candidate_lncrna = FEELNC_FILTER + "candidate_lncrna.gtf"
    shell:
          "./FEELnc_filter.pl -i {input.assembly} -a {input.annotation} > {output.candidate_lncrna}"

这是我的错误：

/workdir/Snakefile的第97行中缺少输入异常：

缺少规则feelnc\u筛选器的输入文件：

谢谢大家!！

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/workdir/pipeline-v01/TACO/assembly.gtf

您的脚本代码肯定小于97行，因此异常描述不是很有用。无论如何，MissingInputException意味着Snakemake已成功构建工作流DAG（这意味着您的

输入/输出和通配符没有问题），并开始执行此工作流。在某个点上，它试图执行该规则，而该规则的预期输出在该规则的shell脚本末尾不存在

现在我们有了第二个问题：您的脚本运行您自己的Perl脚本和未知的
taco_run
可执行文件：我不知道这些程序做什么。我猜
taco\u run
不会创建指定为
-o{output.taco\u out}
的目录

我建议您使用
--printshellcmds
键运行Snakemake。这将向您显示正在运行的确切命令，您可以尝试单独运行这些命令。检查这些命令是否真的创建了预期的输出。
谢谢您的帮助。Taco将创建一个目录作为输出（该目录可能以前没有创建过）。我会用钥匙把蛇弄出来看看能得到什么。