Python 从gml NetworkX写入/读取后获取节点

我在读取GML图形后获取节点时遇到问题。（很抱歉，我无法为您提供精确的可复制代码，因为我的代码有500行长，较小的可复制示例给出了异常正确的结果）。因此，我将尽可能地描述它：

我已经创建了一个中等大小的图G（40k个节点，一百万条边）。我只需执行

G['something']

即可通过其字符串标签访问其节点。我已经将它写入GML文件，然后读取它。现在：我不能像以前那样通过标签访问节点（我得到了

KeyError

），但我可以通过ID（在编写GML文件时创建的ID，对吗？）访问它们，即

G[1]

给了我一个AtlasView：

AtlasView({0: {'weight': 1}, 3253: {'weight': 8}, 9694: {'weight': 1}....

但是032539694也是ID，而不是标签。你知道哪里出了问题吗

以下是我的读写代码：

G = nx.Graph()
for mp in mps:
    G.add_node(mp.name, bipartite=0)
    for word in mp.speeches:
        G.add_node(word, bipartite=1)
        if not G.has_edge(mp.name, word):
            G.add_edge(mp.name, word, weight = 1)
        else:
            G[mp.name][word]['weight'] += 1
#Here I can simply acces the node by G[mp.name]
# and the output is i.e. {'wznawiać': {'weight': 2}, 'obrady':....
nx.write_gml(G, "test.gml")

G = nx.read_gml('test.gml')
#Here I can't acces the node by G[mp.name], but only by it's id

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另外，当我试图在一个较小的例子中重现这个问题时，我得到了正确的结果。可能是编码方面的问题？

这是一个解决方案，而不是一个解决方案，但当您可以再次生成文件时，它就会起作用（如果您有解决方案，我很乐意看到，因为我已经花了一天的时间）：

TL；DR：如果可以再次生成图形，请执行此操作并以其他格式保存。

我学到的： 不知何故，在我的例子中，当读取（文件本身正常，我已在文本编辑器中手动检查）较大的NetworkX图形形成.gml文件时，图形会损坏-ID（为文件自动生成）和标签（可访问节点的标签）会移动。看起来是这样的（此代码可以工作。只有在分析较大的数据图时才会出现此问题）：

给出输出：

(0,1, {'weight': 1})
('String1', 'String2', {'weight': 1})

在gml的情况下，不可能通过G[“String1]”（给出KeyError）来获取节点，而将所有属性放入字典有时会提供访问节点标签的能力，即：

dictOfAtts[0]

给出

“String1”

，但有时也会给出密钥错误

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如何解决此问题：如果可以再次生成图形，请执行此操作，然后以其他格式编写（.graphml对我有效）。但是你不能只读取.gml，然后将其写入.graphml，然后再次读取.graphml-它仍然损坏

你能澄清一下你期望的是什么吗？您得到的输出意味着节点

1

有一个邻居

0

，关联的边具有权重

1

，另一个邻居

3253

，其关联的边具有权重

8

，再读一读，我想我在理解上的困惑可能是弄明白你所说的

id

和

label

是什么意思。您是否担心写入和读取会导致节点名称从字符串变为整数？是的，完全正确-在我可以通过字符串（我称为标签）引用节点之前，以及在我只能通过int（自动生成，因此对我没有用）访问节点之后在G>>>>>>>>中，输出的“某些字符串”在G>>>>>>图形中肯定是，但在写入/读取之后是：>>>>>在G>>>>中，输出的“某些字符串”在G>>>>>中肯定是在G>>>图形中，输出的值为False>>>>>>在G>>>>中，输出的“Id\u在G>>>>>>中，节点的Id\u与G>>>>中的这个字符串相同：当我使用完全相同的代码，但我提供的数据较少时，一切正常

(0,1, {'weight': 1})
('String1', 'String2', {'weight': 1})