未定义名称逐行读取文件时出现错误python

因此，我对python非常陌生，我不确定我的代码是否最有效，但如果有人能向我解释为什么我的脚本在运行时返回“name not defined”错误，我将非常感激。在一个单独的文件中，我有一个300个基因名称的列表，每行一个名称，我要读取，并将每行存储为字符串变量

在脚本中，我有一个600个变量的列表。300个标记为name_bitscore的变量和300个标记为name_长度的变量。 我想根据条件筛选列表。我的脚本如下所示：

#!/usr/bin/python
with open("seqnames-test1-iso-legal-temp.txt") as f:
    for line in f:
        exec("b="+line+"_bitscore")
        exec("l="+line+"_length")
        if 0.5*b <= 2*1.05*l and 0.5*b >= 2*0.95*l:
            print line
ham_pb_length=2973
ham_pb_bitscore=2165
g2225_ph_length=3303
cg2225_ph_bitscore=2278

#!/usr/pin/python
name="string"
string_value=4
exec("b="+name+"_value")
print(name)
print(b)

这将返回：

string
4

所以，我知道我可以使用exec在变量声明中包含一个字符串变量，因为b按预期返回4。所以，我不知道为什么我的第一个脚本中会出现错误

我通过输入

#!/usr/bin/python
    with open("seqnames-test1-iso-legal-temp.txt") as f:
        for line in f:
            print type(line)

它还回了电话

<type 'str'>

300次，所以我知道每个变量行都是一个字符串，这就是为什么我不明白为什么我的测试脚本可以工作，但这一个没有

---

任何帮助都将不胜感激

行

是文本文件迭代器生成的，它为读取的每一行发出一个换行符

你的表情是：

exec("b="+line+"_bitscore")

作为以下内容传递给执行机构：

b=ham_pb
_bitscore

去掉输出，这样就行了

exec("b="+line.rstrip()+"_bitscore")

前提是在循环之前移动以下行，以便声明变量：

ham_pb_length=2973
ham_pb_bitscore=2165
g2225_ph_length=3303
cg2225_ph_bitscore=2278

更好的方法：停止使用

exec

，使用字典避免动态定义变量。

put

#/usr/bin/env python

作为第一行。更多解释请参见问题

正如Jean所指出的，exec不是这项工作的合适工具。您应该使用字典，因为它们不太危险（搜索代码注入），而且字典更容易阅读。下面是一个如何使用python文档中的字典的示例：

>>> tel = {'jack': 4098, 'sape': 4139}
>>> tel['guido'] = 4127
>>> tel
{'sape': 4139, 'guido': 4127, 'jack': 4098}
>>> tel['jack']
4098
>>> del tel['sape']
>>> tel['irv'] = 4127
>>> tel
{'guido': 4127, 'irv': 4127, 'jack': 4098}
>>> list(tel.keys())
['irv', 'guido', 'jack']
>>> sorted(tel.keys())
['guido', 'irv', 'jack']
>>> 'guido' in tel
True
>>> 'jack' not in tel
False

我可以想出一个方法来实现你的目标：

with open("seqnames-test1-iso-legal-temp.txt") as f:
    gene_data = {'ham_pb_length':2973, 'am_pb_bitscore':2165,
                 'g2225_ph_length':3303, 'cg2225_ph_bitscore':2278}
    '''maybe you have more of these gene data things. If so,
    just append them to the end of the above dictionary literal'''
    for line in f:
        if not line.isspace():
            bitscore = gene_data[line.rstrip()+'_bitscore']
            length = gene_data[line.rstrip()+'_bitscore']
            if (0.95*length <= bitscore/4 <= 1.05*length):
                print line

打开（“seqnames-test1-iso-legal-temp.txt”）作为f：
基因数据={'ham_pb_length'：2973，'am_pb_bitscore'：2165，
'g2225_ph_length'：3303，'cg2225_ph_bitscore'：2278}
''也许你有更多的基因数据。如果是,，
只需将它们附加到上述字典文本“”的末尾即可
对于f中的行：
如果不是line.isspace（）：
bitscore=gene_数据[line.rstrip（）+''u bitscore']
长度=基因数据[line.rstrip（）+''位分数']
如果（0.95*length
line
包含行终止符。您必须使用
line.rstrip（）
因此，为了澄清，是否应该将f

中line.rstrip（）的第2行替换为

？否。请参阅我的答案（如果它对您有效，请接受）我现在只得到一个错误
NameError:name'ham\u pb\u bitscore'没有定义
。这可能是因为它是在代码块之后定义的吗？如果不是，我将尝试使用字典重写它，因为我在别处读到，以这种方式使用exec不是最佳做法。是的，将代码块移到上面。但是，使用exec不是最佳做法。而且它相当不安全（如果不控制文件中的内容，可能会导致代码注入）这似乎在很大程度上是有效的，因为它打印了4个预期结果，但随后给了我一个错误：
KeyError:“\u bitscore”
您的文件结尾可能有一些空格。
KeyError
表示您尝试了字典查找，但失败了。在
bitscore=gene\u data[line.rstrip（）+“\u bitscore']
，
line.rstrip（）
是某次迭代中的空字符串。Python然后将其作为
bitscore=gene_data['''+'''''.\u bitscore'.]
运行，这与
bitscore=gene_data['''.\u bitscore'.]相同。要修复它，请将
如果不是line.isspace（）：
放在for循环之后和赋值语句之前（并相应地更改缩进）。这将检查该行是否都是空白字符。为了演示，我更改了原始答案。
with open("seqnames-test1-iso-legal-temp.txt") as f:
    gene_data = {'ham_pb_length':2973, 'am_pb_bitscore':2165,
                 'g2225_ph_length':3303, 'cg2225_ph_bitscore':2278}
    '''maybe you have more of these gene data things. If so,
    just append them to the end of the above dictionary literal'''
    for line in f:
        if not line.isspace():
            bitscore = gene_data[line.rstrip()+'_bitscore']
            length = gene_data[line.rstrip()+'_bitscore']
            if (0.95*length <= bitscore/4 <= 1.05*length):
                print line