biopython PDB：如何通过atom引用atom列表'；s序列号

我在和biopython搏斗。我成功地从结构对象中获取所有原子的列表，以及获取/设置坐标和检索序列号：

from Bio import PDB

pdb = "file.pdb"
name = "file"
p = PDB.PDBParser()
struct_in = p.get_structure(name, pdb)

for atom in PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A'):
    atom.set_coord(np.array((1,2,3)))
    atom.transform(unity3,(2,-2,1))
    print atom.get_serial_number()

但是，我无法通过序列号引用某个原子（索引23）来更改其坐标。我正在寻找类似于下面第二行中虚构的“get_atom_by_index（）”函数的东西（它不是那样工作的）：

当然，我可以这样做

for i in atomList:
    if atomList[i].get_serial_number() == 23:
        atomList[i].set_coord(newCoord)

但我更愿意避免这个额外的循环。一定有更方便的方法

提前谢谢

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弗雷德

如果你知道具体的索引号，那么你为什么不干脆这样做：

atomList[23].set_coord(newCoord)

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您可以将PDB放入dict中，根据原子序列号创建密钥：

selection = PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A')
serial_numbers = [atom.serial_number for atom in selection]

selection_dict = dict(zip(serial_numbers, selection))

# selection_dict is now something like:
# {1: <Atom N>, 2: <Atom CA>, 3: <Atom C>, ...}

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因为列表索引（从[0:len（atomList）-1]开始）不等于pdb文件中给定的序列号，有时是不连续的。它不应该不一致。它应该是从0到。。。或从1。。。；没道理！想象一下，pdb文件中的原子数[4,5,6,23,24,25，…]不是连续的。事实上，这并不罕见。你见过pdb文件的内容吗？无论如何，这些原子将在列表变量中用[0,1,2,3,4,5，…]索引。好的，明白了！很快就会回来的！

selection = PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A')
serial_numbers = [atom.serial_number for atom in selection]

selection_dict = dict(zip(serial_numbers, selection))

# selection_dict is now something like:
# {1: <Atom N>, 2: <Atom CA>, 3: <Atom C>, ...}

selection_dict[23].set_coord(np.array((1,2,3)))