Python R:system（）无法使用.bashrc中定义的bash函数

问题

我的默认Python是2.7，但我有一个脚本需要Python 3.4。我试图在R中创建一个函数，该函数将：

切换到Python 3.4

运行此脚本

切换回Python 2.7

将结果导入到R

为了在Python版本之间切换，我使用集群的“dotkit”系统，如下所示：

use Python-2.7
use Python-3.4

“use”是在my.bashrc文件中导入的bash函数。它设置我的所有路径变量（path、LIBRARY\u path、LD\u LIBRARY\u path、CPATH、C\u INCLUDE\u path等）。问题是，当我尝试在R中调用此函数时，会出现以下错误：

system('use Python-3.4')
sh: use: command not found

这似乎是我人生道路上的一个问题。我使用的是正确的外壳：

system('echo $SHELL')
/bin/bash

我的$PATH变量看起来也不错。但是，当我创建一个基本上执行相同操作的脚本时：

加载_py34.sh：

#!/bin/bash
source ~/.bashrc
use Python-3.4

并通过R调用这个脚本，然后它实际运行，但由于某种原因，它不会在R中更改我的python版本（我已经验证了这个脚本可以从命令行运行）

所以我有点困惑，但如果有人能帮忙，我会非常感激

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建议的修复方法

当我将它们组合到一个命令中时，仍然存在相同的问题：

> system("sh load_py34.sh; python --version")
Prepending: Python-3.4 (already loaded)
Python 2.7.1

当我尝试直接调用bash时，路径仍然存在问题：

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")
bash: use: command not found
Python 2.7.1

调用

system（）

时，它使用

/bin/sh

，而不是

/bin/bash

sh

启动时不会读取

.bashrc

文件，因此它不知道您在其中定义的任何函数

要使用

.bashrc

中的函数，您必须获得

bash

来运行它：

system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'") 系统（“bash-c‘使用Python-3.4；Python--version’”）

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编辑：结束单引号的位置。

当我在一次调用中合并它们时，我会得到相同的错误。我将更新问题以反映这一点。这给了我相同的错误（请参阅更新的问题）。 system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")