如何使用Python根据BED文件格式更改坐标格式？

我有两个fasta文件，我想将FileB.fasta中的较短序列与FileA.fasta中的原始序列进行匹配，以获得其坐标或位置。但我的输出格式不正确。有人能帮我吗

FileA.fasta

>chr1:2000-2019
ACGTCGATCGGTCGACGTGC

>chr1:2000-2019
GATCGG

FileB.fasta

>chr1:2000-2019
ACGTCGATCGGTCGACGTGC

>chr1:2000-2019
GATCGG

文件床

chr1:2000-2019 6 11

chr1 2005 2011

代码

from Bio import SeqIO
output_file = open('fileC.bed','w')
for long_sequence_record in SeqIO.parse(open('fileA.fasta'), 'fasta'):
    long_sequence = str(long_sequence_record.seq)
    for short_sequence_record in SeqIO.parse(open('fileB.fasta'), 'fasta'):
        short_sequence = str(short_sequence_record.seq)
        if short_sequence in long_sequence:
            start = long_sequence.index(short_sequence) + 1
            stop = start + len(short_sequence) - 1
           # print short_sequence_record.id, start, stop
            output_line ='%s\t%i\t%i\n' % \
            (short_sequence_record.id,start,stop)
            output_file.write(output_line )
output_file.close()

文件床的所需输出

chr1:2000-2019 6 11

chr1 2005 2011

---

好的，你在索引上加了一个1，在这个索引上你可以找到更短的序列-

start = long_sequence.index(short_sequence) + 1 <--- notice the +1

对于记录的

id

，如果您不想在

：

之前添加任何内容，则应在

：

处拆分id，并取左侧部分（拆分后的索引字符串为0）

范例-

start = long_sequence.index(short_sequence) + int((short_sequence_record.id.split(':')[1].split('-')[0]))
stop = start + len(short_sequence)

output_line ='%s\t%i\t%i\n' % \
        ((short_sequence_record.id.split(':')[0]),start,stop)
        output_file.write(output_line )

---

好的，你在索引上加了一个1，在这个索引上你可以找到更短的序列-

start = long_sequence.index(short_sequence) + 1 <--- notice the +1

对于记录的

id

，如果您不想在

：

之前添加任何内容，则应在

：

处拆分id，并取左侧部分（拆分后的索引字符串为0）

范例-

start = long_sequence.index(short_sequence) + int((short_sequence_record.id.split(':')[1].split('-')[0]))
stop = start + len(short_sequence)

output_line ='%s\t%i\t%i\n' % \
        ((short_sequence_record.id.split(':')[0]),start,stop)
        output_file.write(output_line )

---

好的，你在索引上加了一个1，在这个索引上你可以找到更短的序列-

start = long_sequence.index(short_sequence) + 1 <--- notice the +1

对于记录的

id

，如果您不想在

：

之前添加任何内容，则应在

：

处拆分id，并取左侧部分（拆分后的索引字符串为0）

范例-

start = long_sequence.index(short_sequence) + int((short_sequence_record.id.split(':')[1].split('-')[0]))
stop = start + len(short_sequence)

output_line ='%s\t%i\t%i\n' % \
        ((short_sequence_record.id.split(':')[0]),start,stop)
        output_file.write(output_line )

---

好的，你在索引上加了一个1，在这个索引上你可以找到更短的序列-

start = long_sequence.index(short_sequence) + 1 <--- notice the +1

对于记录的

id

，如果您不想在

：

之前添加任何内容，则应在

：

处拆分id，并取左侧部分（拆分后的索引字符串为0）

范例-

start = long_sequence.index(short_sequence) + int((short_sequence_record.id.split(':')[1].split('-')[0]))
stop = start + len(short_sequence)

output_line ='%s\t%i\t%i\n' % \
        ((short_sequence_record.id.split(':')[0]),start,stop)
        output_file.write(output_line )

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一个更普遍的解决方案：

取下你们的参考序列数据，准备好

执行以下操作以将短查询字符串与参考数据对齐，并获得一个PSL文件

去睡觉

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一个更普遍的解决方案：

取下你们的参考序列数据，准备好

执行以下操作以将短查询字符串与参考数据对齐，并获得一个PSL文件

去睡觉

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取下你们的参考序列数据，准备好

执行以下操作以将短查询字符串与参考数据对齐，并获得一个PSL文件

去睡觉

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一个更普遍的解决方案：

取下你们的参考序列数据，准备好

执行以下操作以将短查询字符串与参考数据对齐，并获得一个PSL文件

去睡觉

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我只是编辑我的问题。请看一看。如果我使用上面的示例，它将无法工作。它仍将从0开始计数。我相信，如果您想开始计数，请让我更改我的代码。此外，您确定id将始终像-

chr1:-

？fasta文件中有许多chr类型，例如chr2、chr3等。chr2/3/4。。。etc很好，意思是一切都应该是这样，我只是编辑我的问题。请看一看。如果我使用上面的示例，它将无法工作。它仍将从0开始计数。我相信，如果您想开始计数，请让我更改我的代码。此外，您确定id将始终像-

chr1:-

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chr1:-

？fasta文件中有许多chr类型，例如chr2、chr3等。chr2/3/4。。。etc是好的，意思是所有的都应该是那种模式