Rstudio中的Source.bashrc

我刚刚在Ubuntu 18.04 LTS中本地安装了一些Perl模块

当像这样使用RStudio服务器呼叫他们时

system("perl -MBio::TreeIO -e 1")

我得到以下错误

在@INC中找不到Bio/TreeIO.pm（您可能需要安装Bio:：TreeIO模块）（@INC contains:/etc/perl/usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26.1/usr/local/share/perl/5.26.1/usr/lib/x86_64-linux-gnu/usr/share/perl5/usr/x86_64-linux-gnu/perl/5.26/usr/share/perl/5.26/usr/local/lib/lib/site_perl/usr/lib/x86_64-linux-gnu/base）

当我

source~/.bashrc

在终端中时，一切正常

我尝试创建一个

~/.Rprofile

，其中包含：

system(". ~/.bashrc")

---

但是不好。

根据文档，通过在R shell中运行

帮助（启动）

访问，您应该在主目录中创建一个文件

.Renviron

，启动新的R会话时将读取该文件。例如：

.Renviron

FOOBAR=/foo/bar/foo/bar

R外壳

R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

> cat(Sys.getenv("FOOBAR"), "\n")
/foo/bar/foo/bar 

---

因此，只需将

PERL5LIB

变量设置为本地perl软件包安装目录，创建

.Renviron

文件。

听起来，用于安装模块的perl与RStudio用于运行命令的perl不同。

.bashrc

中是否有任何更改内容的内容e> PATH？是的！.bashrc包含'PATH=“/home/acjfernandes/perl5/bin${PATH:+：${PATH}}”导出路径；PERL5LIB=“/home/acjfernandes/perl5/lib/perl5${PERL5LIB:+：${PERL5LIB}}”导出PERL5LIB；PERL\u LOCAL\u lib ROOT=“/home/acjfernandes/perl5${LOCAL\PERL\u-lib ROOT:+${PERL\u-LOCAL lib ROOT:$导出PERL5LIB=“--install_base\”/home/acjfernandes/perl5\”；export PERL_MB_OPT；PERL_MM_OPT=“install_base=/home/acjfernandes/perl5”"；导出PERL_MM_OPT；好的，那么你需要说服RStudio使用相同的PERL，或者你需要在RStudio使用的模块中安装你需要的模块。怎么回事？通过在系统范围内而不是在本地安装它？我对R或者你的系统是如何设置的一无所知。如果你安装了你需要的模块，而没有先运行

.bashrc

n您应该使用与RStudio相同的perl。这将是一个良好的开端。