R 最佳可视化方法

我有如下数据：

     chr01 chr02 chr03 chr04 chr05 chr06 chr07 chr08 chr09
T10     2     5     3     5     4     1     9     2     3
T11     0     2     1     5     2     1     3     5     4
T65     0     5     1     3     4     1     5     3     1

某些列具有0。我希望可视化每列中的零数（可能是每列0的百分比内容）。我是一个R用户，首先我想到了使用饼图，但我想知道是否有任何复杂的方式来表示它！？

---

甚至我也试过热图。是否有其他方式来表示这一点？？（底线是我想表示每列0的百分比）

表示结果的简单方法是绘制条形图。假设您的数据帧名为

df

：

#Calculate percentage of 0 for each column
pr.0<-apply(df,2,function(x) mean(x==0)*100)
#Plot results
barplot(pr.0,ylab="Percentage")

#计算每列0的百分比
pr.0表示结果的简单方法是绘制条形图。假设您的数据帧名为
df
：

#Calculate percentage of 0 for each column
pr.0<-apply(df,2,function(x) mean(x==0)*100)
#Plot results
barplot(pr.0,ylab="Percentage")

#计算每列0的百分比
pr.0您也可以使用。它给了你更多的控制，尽管我不确定这是否是你想要的赏心悦目的东西。我不确定您是否要求一种完全不同的可视化类型，或者您是否希望绘制一个具有更多控制的条形图（如
@Didzis
所示）。对于第二种情况，
ggplot2
可能有用：

require(ggplot2)
df <- structure(list(chr01 = c(2L, 0L, 0L), chr02 = c(5L, 0L, 5L), 
         chr03 = c(3L, 1L, 0L), chr04 = c(0L, 5L, 0L), chr05 = c(0L, 
         2L, 4L), chr06 = c(0L, 0L, 0L), chr07 = c(9L, 3L, 0L), chr08 = c(2L, 
         0L, 3L), chr09 = c(3L, 4L, 1L)), .Names = c("chr01", "chr02", 
         "chr03", "chr04", "chr05", "chr06", "chr07", "chr08", "chr09"
         ), class = "data.frame", row.names = c("T10", "T11", "T65"))
gg.df <- data.frame(chr.id = names(df))
gg.df$cnt <- sapply(df, function(x) sum(x==0)/length(x) * 100)

qplot(factor(chr.id), weight=cnt, data=gg.df, geom="bar", fill=factor(chr.id))

require（ggplot2）
df您也可以使用。它给了你更多的控制，尽管我不确定这是否是你想要的赏心悦目的东西。我不确定您是否要求一种完全不同的可视化类型，或者您是否希望绘制一个具有更多控制的条形图（如
@Didzis
所示）。对于第二种情况，
ggplot2
可能有用：

require(ggplot2)
df <- structure(list(chr01 = c(2L, 0L, 0L), chr02 = c(5L, 0L, 5L), 
         chr03 = c(3L, 1L, 0L), chr04 = c(0L, 5L, 0L), chr05 = c(0L, 
         2L, 4L), chr06 = c(0L, 0L, 0L), chr07 = c(9L, 3L, 0L), chr08 = c(2L, 
         0L, 3L), chr09 = c(3L, 4L, 1L)), .Names = c("chr01", "chr02", 
         "chr03", "chr04", "chr05", "chr06", "chr07", "chr08", "chr09"
         ), class = "data.frame", row.names = c("T10", "T11", "T65"))
gg.df <- data.frame(chr.id = names(df))
gg.df$cnt <- sapply(df, function(x) sum(x==0)/length(x) * 100)

qplot(factor(chr.id), weight=cnt, data=gg.df, geom="bar", fill=factor(chr.id))

require（ggplot2）
df另一种方法是使用
dotplot
——在这里，您仅用一个点表示您的值。我将使用package而不是ggplot2来实现这一点，但为了以防万一，我在下面添加了两种解决方案：

#load df data from @Arun answer, and then...
library(reshape2)#for melt function
dd <- apply(df,2,function(x) mean(x==0)*100)
d1 <- melt(dd)#gets data to long format
d <- data.frame(variable=rownames(d1), d1) 
#lattice dotplot
library(lattice)
dotplot(reorder(variable, value) ~ value, d, col=1, aspect=1, 
        xlab="percentage", ylab="")

另一种方法是使用
dotplot
——您仅用一个点表示您的值。我将使用package而不是ggplot2来实现这一点，但为了以防万一，我在下面添加了两种解决方案：

#load df data from @Arun answer, and then...
library(reshape2)#for melt function
dd <- apply(df,2,function(x) mean(x==0)*100)
d1 <- melt(dd)#gets data to long format
d <- data.frame(variable=rownames(d1), d1) 
#lattice dotplot
library(lattice)
dotplot(reorder(variable, value) ~ value, d, col=1, aspect=1, 
        xlab="percentage", ylab="")

非常感谢迪兹。这会让我的想象变得清晰。但是，我是否可以为这些数据创建任何“眼睛糖果”类型的绘图。@user1897329“眼睛糖果”是什么意思？如果我听起来很愚蠢，很抱歉，条形图可以满足我的目的，但是是否可以创建视觉上有吸引力的绘图？？这只是我想探索的选择。非常感谢您的回答。您可以通过将列从最大列排序到最小列来改进绘图，以便更快地查看哪些列具有最多/最少的零。如果您创建可视化的目的是提供信息（而不是娱乐），那么条形图是按类别分割数字数据的最佳选择。非常感谢Didzis。这会让我的想象变得清晰。但是，我是否可以为这些数据创建任何“眼睛糖果”类型的绘图。@user1897329“眼睛糖果”是什么意思？如果我听起来很愚蠢，很抱歉，条形图可以满足我的目的，但是是否可以创建视觉上有吸引力的绘图？？这只是我想探索的选择。非常感谢您的回答。您可以通过将列从最大列排序到最小列来改进绘图，以便更快地查看哪些列具有最多/最少的零。如果创建可视化的目的是提供信息（而不是娱乐），则条形图是按类别分割数字数据的最佳选项。