R 搜索函数的所有输入以仅获得重要输出
我有一个函数R 搜索函数的所有输入以仅获得重要输出,r,survival-analysis,R,Survival Analysis,我有一个函数tryCatch,它为ind\u gene中定义的不同输入输出一个p值。 是否有方法搜索ind_gene中的所有输入,并从tryCatch中获得所有输出,其中p
tryCatch
,它为ind\u gene
中定义的不同输入输出一个p值。
是否有方法搜索ind_gene
中的所有输入,并从tryCatch
中获得所有输出,其中p<0.05
ind_gene <- which(rownames(matrix_cpm_spike_liver) == "hsa-miR-320c")
s1 <- tryCatch(survdiff(
Surv(as.numeric(as.character(ClinicalDataHep$new_death))[ind_clin],
ClinicalDataHep$death_event[ind_clin])~
event_rna[ind_gene,ind_tum]), error = function(e) return(NA))
> s1
Call:
survdiff(formula = Surv(as.numeric(as.character(ClinicalDataHep$new_death))[ind_clin],
ClinicalDataHep$death_event[ind_clin]) ~ event_rna[ind_gene,
ind_tum])
N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
event_rna[ind_gene, ind_tum]=0 8 6 5.52 0.0420 0.0652
event_rna[ind_gene, ind_tum]=1 51 25 25.48 0.0091 0.0652
Chisq= 0.1 on 1 degrees of freedom, p= 0.798
该代码中使用的
ind_genetryCatch
输出的对象是survdiff
-调用的结果或具有错误类。它永远不会只返回“p值”。您需要更好地描述整个问题,并发布一个可用于测试和演示的数据示例。请参阅我的更新我不需要帮助就知道如何从“survdiff”对象构建p值。我建议添加一个数据示例。该代码中使用的tryCatch
输出一个对象,该对象要么是survdiff
-调用的结果,要么具有错误类。它永远不会只返回“p值”。您需要更好地描述整个问题,并发布一个可用于测试和演示的数据示例。请参阅我的更新我不需要帮助就知道如何从“survdiff”对象构建p值。我建议添加一个数据示例。
p.val <- 1 - pchisq(s1$chisq, length(s1$n) - 1)