Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/72.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
knitr无法编织html,编织pdf“;在资源路径中找不到文件;文件名可能所在的空间_R_R Markdown_Knitr_Pandoc - Fatal编程技术网

knitr无法编织html,编织pdf“;在资源路径中找不到文件;文件名可能所在的空间

knitr无法编织html,编织pdf“;在资源路径中找不到文件;文件名可能所在的空间,r,r-markdown,knitr,pandoc,R,R Markdown,Knitr,Pandoc,上个月,我使用Rstudio和Microsoft R Open 4.0.2制作了一份可复制的重症监护病房入住率和严重程度报告,检查点设置为2020-07-16。使用rmarkdown和R的APD_report.Rmd文件,以及tufte包,能够编织成一个相当漂亮的html和一个选定的pdf 这个月,我什么都没有改变,我不能。我收到消息“需要rmarkdown 2.3,但2.1可用” 我使用 update.packages("rmarkdown", repos = "

上个月,我使用Rstudio和Microsoft R Open 4.0.2制作了一份可复制的重症监护病房入住率和严重程度报告,检查点设置为2020-07-16。使用rmarkdown和R的APD_report.Rmd文件,以及tufte包,能够编织成一个相当漂亮的html和一个选定的pdf

这个月,我什么都没有改变,我不能。我收到消息“需要rmarkdown 2.3,但2.1可用”

我使用

update.packages("rmarkdown", repos = "https:/cloud.rproject.org")
这是一个需要更新的软件包,但却让我为其他需要更新的软件包烦恼不已。我更新了所有的软件包;现在有几个人抱怨它们是在R4.0.5下建造的

执行所有代码,生成分析、表格和图形。所有数字都显示在缓存中。但是,当我尝试编织时,它会产生:

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS APD_report.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output APD_report.html --lua-filter "C:\Users\lewis\Documents\R\win-library\4.0\rmarkdown\rmarkdown\lua\pagebreak.lua" --lua-filter "C:\Users\lewis\Documents\R\win-library\4.0\rmarkdown\rmarkdown\lua\latex-div.lua" --self-contained --standalone --section-divs --template "C:\Users\lewis\Documents\R\win-library\4.0\rmarkdown\rmd\h\default.html" --no-highlight --variable highlightjs=1 --include-in-header "C:\Users\lewis\AppData\Local\Temp\RtmpAXfXMj\rmarkdown-str4184615f7a44.html" --mathjax --variable "mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML" --citeproc 
output file: APD_report.knit.md

File  not found in resource path
Error: pandoc document conversion failed with error 99
In addition: There were 13 warnings (use warnings() to see them)
Execution halted
我找不到文件
APD_report.knit.md
,也没有非R代码生成的数字。我的YAML标题是:

---
title: "APD report"
subtitle: "Template for data reading and cleaning from the ANZICS APD"
author: "Lewis Campbell"
date: "`r Sys.Date()`"
output:
  tufte::tufte_html: default
  tufte::tufte_handout:
    citation_package: natbib
    latex_engine: xelatex
  tufte::tufte_book:
    citation_package: natbib
    latex_engine: xelatex
bibliography: 
link-citations: yes
---

好。疯狂的骑行。我尝试在没有
tufte
包的情况下编织成普通pdf,而
xfun
包需要从0.18更新到0.19。一旦完成,html甚至编织成簇状。不完全确定教训是什么,如果rmarkdown消息甚至出现在Microsoft R Open checkpoint环境中。有时,rmarkdown在呈现和创建html或pdf时会创建一个临时的.md文件,然后删除.md。我不知道您可以在相同的呈现中在相同的YAML中在相同的文件中呈现rmarkdown到html和pdf一场我以为Rmarkdown只能为pdf调用pandoc,所以我想知道这是否会导致问题,同时也尝试呈现HTML文件。对不起,我的意思是它会随意呈现为pdf或HTML,然后不会。主要的烦恼是我没有改变任何东西,在MRAN快照提供的表面上静态的环境中有些东西已经改变了,它不会突然呈现。微软R做了什么Rstudio做不到的事情?不知道它是否值得商业许可证,Rstudio做得很好