R pheatmap使用中的问题

我试着玩

pheatmap

，一开始就被卡住了

创建玩具示例：

library(pheatmap)
set.seed(1)
my.mat <- matrix(rnorm(90), nrow = 30, ncol = 30)
rownames(my.mat) <- 1:30
colnames(my.mat) <- 1:30
col.scale = colorRampPalette(c("red", "blue"), space = "rgb")(10)
breaks.size = 11
pheatmap(my.mat, color = col.scale, breaks = breaks.size, border_color = NA, cellwidth = 10, cellheight = 10)

它产生的情节似乎不正确：

例如，我不明白为什么右上角的单元格是白色的。我还认为设置

cellwidth=10

和

cellheight=10

意味着得到的是方形单元格，而不是矩形单元格。最后，如果有人知道是否有可能将行名和列名apear放在热图的同一侧作为登角图（即，在登角图的顶端），那就太好了。

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好吧，您得到该错误的原因是您错误地使用了

breaks=

参数。从

？pheatmap

帮助页面

中断：覆盖mat中值范围的数字序列，比颜色向量长一个元素。用于将值映射到颜色。如果需要将某些值映射到特定颜色或特定值，则此选项非常有用。如果值为NA，则会自动计算断裂

不能像其他函数那样只传递一个值

我也不知道你说的细胞不是方形的。您正在绘制一个30x30的正方形（至少对我来说是这样）。因为您正在进行聚类，所以每个聚类只能得到一种颜色

我猜问题的一部分可能是，对于900个单元格的矩阵，您只生成了90个随机变量，因此这些值是重复的（您的数据非常结构化）。也许你的意思是

my.mat <- matrix(rnorm(900), nrow = 30, ncol = 30)

my.mat
my.mat <- matrix(rnorm(900), nrow = 30, ncol = 30)