Rmpi:mclapply:In selectChildren（ac，1）：错误'；中断的系统调用'；选择

下面是一个简单的例子

require(Rmpi)
set.seed(1)
foo <- parallel::mclapply(seq_len(10), function(l)
                          lapply(1:10, function(x) mean(rnorm(10000, mean=x))),
                          mc.cores=4)

如何避免它们

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我在一个包中使用

Rmpi

和

parallel

的

mclappy

，这就是为什么我要问这个问题。请注意，这已经发布，但我还没有收到答复（尚未）。在这种情况下，我使用Ubuntu12.10、Emacs24和R2.15.2

我在使用OpenMPI1.4.3构建的Rmpi安装中看到了这个问题。我假设你也在使用OpenMPI，因为你使用的是Ubuntu。加载Rmpi调用

MPI_Init

，这会导致捕获而不是忽略

SIGCHLD

信号。我相信结果是，当

mclappy

派生的子进程退出时，

SIGCHLD

将被发送，这会意外地中断

select

中的系统调用

mclappy

。如果这不会导致任何实际错误，您可以通过在

suppressWarnings

内调用

mclappy

来防止出现警告消息

OpenMPI用户的邮件列表中有一个问题，表明该问题在OpenMPI 1.6系列中的某个点上得到了修复，因此，如果尚未升级MPI安装，则最好的解决方案可能是升级MPI安装

更新

我使用OpenMPI 1.6.5和1.7.3尝试了您的示例，但问题仍然存在。我决定使用

inline

包实现一个函数，将

SIGCHLD

信号重置为默认处理。使用该选项，我可以运行您的示例而不生成任何警告：

library(Rmpi)
library(inline)
includes <- "#include <signal.h>"
code <- "signal(SIGCHLD, SIG_DFL);"
ignchld <- cfunction(body=code, includes=includes, convention=".C")
ignchld()
foo <- parallel::mclapply(seq_len(10), function(l)
                          lapply(1:10, function(x) mean(rnorm(10000, mean=x))),
                          mc.cores=4)

库（Rmpi）
库（内联）
包括非常感谢，这是有用的（因为我仍然有这个问题）。
library(Rmpi)
library(inline)
includes <- "#include <signal.h>"
code <- "signal(SIGCHLD, SIG_DFL);"
ignchld <- cfunction(body=code, includes=includes, convention=".C")
ignchld()
foo <- parallel::mclapply(seq_len(10), function(l)
                          lapply(1:10, function(x) mean(rnorm(10000, mean=x))),
                          mc.cores=4)