R ggbiplots-PCA：根据分组的点的颜色和形状

我已经修改了iris数据，以提供一个我想做的示例。我在iris数据中添加了一个额外的列，如下链接所示。这个额外的专栏还有一些基于器官的分组

然后我做PCA并绘制它。我想在情节中有两组，颜色和形状不同。器官由四种形状区分，但除了图中显示的蓝色外，其他物种没有颜色区分

library(ggbiplot)

data(iris)

#### add an extra column with organ information

iris$organ<-c(rep("leaf",50),rep("root",50),rep("shrub",25),rep("petal",25))

# log transform 
log.ir <- log(iris[, 1:4])

#grouping by species
ir.species <- iris[, 5]

#grouping by organs
ir.organ <- iris[,6]

##PCA
ir.pca <- prcomp(log.ir, center = TRUE,scale. = TRUE) 

###PCA plots
g <- ggbiplot(ir.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,groups = ir.species)
g+geom_point(aes(shape=factor(ir.organ)))

库（ggbiplot）
数据（iris）
####添加包含器官信息的额外列
iris$organI我想你的
geom_point
调用是在
ggbiplot
默认生成的彩色符号之上绘制黑色符号。您可以将
col=ir.species
添加到
aes
中以获得颜色，但它仍然看起来很奇怪。
ggbiplot（ir.pca，obs.scale=1，var.scale=1，alpha=0）+几何点（aes（形状=因子（ir.organ），颜色=因子（ir.species）），大小=4）