R 使用ggplot的单变量直方图

我有一个变量，它有以下值

sce_list[[1]]$total_counts
1                       3794
2                       2133
3                       3482
4                       1522
5                       3385
6                       5495

我想用ggplot做一个柱状图

我正在做的是：

ggplot(as.data.frame(size=1:length(sce_list[[1]]), 
                     count=sce_list[[1]]$total_counts,
                     aes(x=count, y=size))
       ) +
       geom_histogram()

谁能告诉我现在哪里出了问题，并给我一个解决方案

注：我按照评论中的建议应用了以下内容

   for  (i in 1:length(paths)){

 ggplot((size=1:length(as.data.frame(sce_list[[i]]))), 
 count=as.data.frame(sce_list[[i]]$total_counts), 
aes(x=count, y=size)) + geom_histogram()}

我得到的错误是：

    Quitting from lines 121-150 (tq.Rmd) 
Error in as.vector(x) : no method for coercing this S4 class to a vector
Calls: <Anonymous> ... ggplot -> as.data.frame -> as.data.frame -> as.vector
Execution halted

从第121-150行退出（tq.Rmd）
as.vector（x）中出错：没有将此S4类强制为向量的方法
电话：。。。ggplot->as.data.frame->as.data.frame->as.vector
停止执行

---

谢谢你

我将根据你所做的猜测来说明什么是可复制的示例

由于您似乎没有列的名称，并且强制使用数据帧，因此我假定您的数据不是数据帧或TIBLE。因为它似乎有两列，所以它不是一个向量。因此，我假设它是一个有两列的矩阵

当您遇到复杂嵌入的问题时，您需要将其分解为多个部分，以确保每个部分都能正常工作。注意回答者如何复制并粘贴下面的代码

x <- matrix(1:6, c(3794, 2133,  3482,   1522,    3385, 5495), ncol=2)
sce_list <- list()
sce_list$total_counts <- x

现在我们知道变量名是V1和V2。因为我们正在尝试制作一个最小的可复制示例，所以我们不会更改名称

现在让我们来做GG图

直方图是一种非常特殊的连续数据图

ggplot(as.data.frame(sce_list$total_counts), aes(V2)) + 
      geom_histogram()

但是，一个包含6个数据点且没有重复数据的柱状图实际上没有意义，因此我认为您可能需要绘制实际值，在这种情况下，您需要geom_col（）。（也因为您称之为计数）

---

但这只是一个猜测，因为所需的信息尚未提供

我想，

ggplot（sce_列表[[1]]，aes（总计数））+geom_直方图（）

应该可以满足您的要求。@PoGibas:谢谢您的建议。我得到以下错误：

data

必须是一个数据帧，或者是可由

fortify（）

强制的其他对象，而不是一个具有SingleCellExperimentBy类的S4对象。根据定义，直方图只有一个变量，不能有y变量。此外，当调试尝试简化时，在ggplot之外进行所有复杂的工作，以确定问题是与ggplot有关还是与ggplot本身有关。或者您可能希望绘制条形图，您应该使用ggplot（data.frame（size=seq_len（nrow（seq_len）（nrow（sce_list[[1]]）、count=sce_list[[1]$total_counts）、aes（size，count））+geom_bar（stat=“identity”）修复代码格式后，我认为括号的放置有问题@波吉巴斯给了你正确的答案，因为你没有提供任何关于sce_列表[[1]]是什么类的信息。您收到的错误消息告诉您要做什么——使用as.data.frame（）将sce_列表[[1]]设置为数据帧。

ggplot(as.data.frame(sce_list$total_counts), aes(V2)) + 
      geom_histogram()

ggplot(as.data.frame(sce_list$total_counts), 
          aes(x= V1,y=V2)) + 
      geom_col()