外行R包开发说明

我从来没有这样做过，但我想开发家用的R包：

例如，以下是我的函数和数据：

# random DNA function 
randDNA = function(n){
paste(sample(c("A", "C", "T", "G"), n, replace = TRUE), collapse = "")
}
# DNA to RNA function 
dna2rna <- function(inputStr) { 
  if (!is.character(inputStr)) 
    stop("need character input") 
  is = toupper(inputStr) 
  chartr("T", "U", is) 
}

# complementary sequence function 
compSeq <-  function(inputStr){
 chartr("ACTG", "TGAC", inputStr)
 }

# example data
dnaseq1 <- c("ATTGTATCTGGGTATTTCCCTTAATTGGGGCCTTT")
dnaseq2 <- c("TGGGGTAAACCCGGTTTAAAATATATATATTTTT")
myseqdata <- data.frame(dnaseq1, dnaseq2)
save(myseqdata, file = "myseqdata.RData")

我有一个问题，为什么我会得到这个错误。当我查看C:\dnatool时，我可以看到用data和r函数创建的文件夹

现在我想编译成包。在阅读说明时，我使用命令提示符将其打包：我使用的是Windows7

c:\> R CMD build dnatool 

显然不起作用。是因为上述问题吗？我应该走哪条路？其中有R exe或C:或C:\dnatool

我会感谢你的帮助，如果你能在R“外行”风格的帮助…谢谢

编辑： 我从以下网站下载了R版本2.12.2的Rtools Rtools212.exe： 这些工具安装在C:\r工具中

Directory of c:\Rtools

09/18/2011  08:08 AM    <DIR>          .
09/18/2011  08:08 AM    <DIR>          ..
09/18/2011  08:07 AM    <DIR>          bin
03/31/2010  09:50 AM            18,347 COPYING
09/18/2011  08:08 AM    <DIR>          MinGW
09/18/2011  08:09 AM    <DIR>          MinGW64
10/04/2010  10:21 AM             1,836 README.txt
10/07/2010  08:26 AM             3,676 Rtools.txt
09/18/2011  08:10 AM           728,889 unins000.dat
09/18/2011  08:07 AM         1,182,143 unins000.exe
               5 File(s)      1,934,891 bytes
               5 Dir(s)  36,454,875,136 bytes free

************Edits2：部分解决方案，但出现新错误****************************** 第一轮问题已通过路径建议得到解决。我必须手动将路径更改为：

C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin;
   C:\Program files\R\R-2.12.2\bin\x64;

我将骨架存储到新目录中。通过在命令提示符下运行以下命令：

C:\Users\Owner\Documents\rpackages> Rcmd INSTALL --build dnatool

* installing to library 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.2/library'
* installing *source* package 'dnatool' ...
** R
** data
** preparing package for lazy loading
** help
Warning: C:/Users/Owner/Documents/rpackages/dnatool/man/dnatool-package.Rd:34: A
ll text must be in a section
Warning: C:/Users/Owner/Documents/rpackages/dnatool/man/dnatool-package.Rd:35: A
ll text must be in a section
*** installing help indices
Error in Rd_info(db[[i]]) : Rd files must have a non-empty \title.
See chapter 'Writing R documentation' in manual 'Writing R Extensions'.
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.2/library/dnatool

C:\Users\Owner\Documents\rpackages> Rcmd INSTALL --build dnatool

我创建包失败，请在上面的窗口中查看错误。这意味着什么。我在文件dnatool包的第34行和第35行添加了相关信息

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.Rd…帮助…谢谢…

我自己在回答我的问题，所以如果事实部分是这样的话，这个问题仍然没有答案。根据此处的建议，通过设置以下内容，通过更改路径解决了问题：

C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin;
   C:\Program files\R\R-2.12.2\bin\x64;
I stored the skeleton to new directory.

通过在命令提示符下运行以下命令：

C:\Users\Owner\Documents\rpackages> Rcmd INSTALL --build dnatool

* installing to library 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.2/library'
* installing *source* package 'dnatool' ...
** R
** data
** preparing package for lazy loading
** help
Warning: C:/Users/Owner/Documents/rpackages/dnatool/man/dnatool-package.Rd:34: A
ll text must be in a section
Warning: C:/Users/Owner/Documents/rpackages/dnatool/man/dnatool-package.Rd:35: A
ll text must be in a section
*** installing help indices
Error in Rd_info(db[[i]]) : Rd files must have a non-empty \title.
See chapter 'Writing R documentation' in manual 'Writing R Extensions'.
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.2/library/dnatool

C:\Users\Owner\Documents\rpackages> Rcmd INSTALL --build dnatool

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我自己在回答我的问题，所以如果事实部分属实，这个问题仍然没有答案。根据此处的建议，通过设置以下内容，通过更改路径解决了问题：

C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin;
   C:\Program files\R\R-2.12.2\bin\x64;
I stored the skeleton to new directory.

通过在命令提示符下运行以下命令：

C:\Users\Owner\Documents\rpackages> Rcmd INSTALL --build dnatool

* installing to library 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.2/library'
* installing *source* package 'dnatool' ...
** R
** data
** preparing package for lazy loading
** help
Warning: C:/Users/Owner/Documents/rpackages/dnatool/man/dnatool-package.Rd:34: A
ll text must be in a section
Warning: C:/Users/Owner/Documents/rpackages/dnatool/man/dnatool-package.Rd:35: A
ll text must be in a section
*** installing help indices
Error in Rd_info(db[[i]]) : Rd files must have a non-empty \title.
See chapter 'Writing R documentation' in manual 'Writing R Extensions'.
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.2/library/dnatool

C:\Users\Owner\Documents\rpackages> Rcmd INSTALL --build dnatool

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IIRC，你必须记住设置路径。旧版本的RTools无法为您完成此操作，您必须手动完成。不确定是否仍然是这样。如何以及在何处设置路径？请查看我对Rtools的新编辑和其他信息。INSTALL为您提供了有关.Rd文件中问题的明确说明，并建议您阅读扩展手册。否则，在R-develA r56992和Rtools 2.13中，我得到的结果与您完全相同。如果您的实际问题只是需要编辑Rd文件，使其具有\titles{}，那么您的问题中现在有太多无用的信息。我建议您尝试生成一个默认的.Rd文件，看看它是否编译。如果是这样的话，您更改的.Rd文件（包括编码）就有问题。要单独确保.Rd文件编译良好，可以使用

R CMD rd2text filename.Rd

.IIRC，必须记住设置路径。旧版本的RTools无法为您完成此操作，您必须手动完成。不确定是否仍然是这样。如何以及在何处设置路径？请查看我对Rtools的新编辑和其他信息。INSTALL为您提供了有关.Rd文件中问题的明确说明，并建议您阅读扩展手册。否则，在R-develA r56992和Rtools 2.13中，我得到的结果与您完全相同。如果您的实际问题只是需要编辑Rd文件，使其具有\titles{}，那么您的问题中现在有太多无用的信息。我建议您尝试生成一个默认的.Rd文件，看看它是否编译。如果是这样的话，您更改的.Rd文件（包括编码）就有问题。要单独确保.Rd文件编译良好，可以使用

R CMD rd2text filename.Rd

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