与geom_signif函数R的多重比较

包

ggsignif

非常有用，可以快速方便地指示

ggplot

图形中的重要比较。但是，

比较

调用需要手动键入要比较的每对值

例如

library(ggplot2)
library(ggsignif)

data(iris)

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica"),c('versicolor','setosa')), 
              map_signif_level=TRUE)

我想知道如何通过一次引用所有可能的组合来避免这种情况？例如，

expand.grid（x=levels（iris$Species），y=levels（iris$Species））

给出了所有的组合

           x          y
1     setosa     setosa
2 versicolor     setosa
3  virginica     setosa
4     setosa versicolor
5 versicolor versicolor
6  virginica versicolor
7     setosa  virginica
8 versicolor  virginica
9  virginica  virginica

但是如何让geom signif（比较=…）接受这一点呢

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包信息可在此处找到

基于Adam Quek的评论，您只需转换创建的矩阵并将每一行转换为一个列表：

split(t(combn(levels(iris$Species), 2)), seq(nrow(t(combn(levels(iris$Species), 2)))))

$`1`
[1] "setosa"     "versicolor"

$`2`
[1] "setosa"    "virginica"

$`3`
[1] "versicolor" "virginica" 

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = split(t(combn(levels(iris$Species), 2)), seq(nrow(t(combn(levels(iris$Species), 2))))), 
              map_signif_level = TRUE)

---

combn（级别（虹膜$Species），2）

将为您提供所有三对combinations@AdamQuek如果不使用

list（）

则会出现错误，

警告消息：stat\u signif（）中的计算失败：没有足够的“y”观察值

。与

list（）一起使用

仅将第一次比较添加到绘图中。不回答您对

几何符号的查询（从未使用过，也不打算使用）。只是建议
combn
是获得成对组合的更明智的方法，而不是
expand.grid
@AdamQuek噢。好的，谢谢。太好了！谢谢。我可以麻烦你问一下如何避开或抖动这些行吗？啊，我明白了
步骤增加=
。