选择具有相似文件名的两个文件的R函数
我正在尝试匹配具有相似文件名的文件,以用作函数的输入。例如 如果目录中的文件名为:选择具有相似文件名的两个文件的R函数,r,R,我正在尝试匹配具有相似文件名的文件,以用作函数的输入。例如 如果目录中的文件名为: atac.macaque.R1.fastq.gz atac.macaque.R2.fastq.gz atac.human.R1.fastq.gz atac.human.R2.fastq.gz 是否有一个函数可以识别atac.macaque.R1.fastq.gz和atac.macaque.R2.fastq.gz是成对的,应该分别作为x和y输入到读取这些文件的函数中 我希望找到一个函数,可以遍历目录中的所有文件
atac.macaque.R1.fastq.gz
atac.macaque.R2.fastq.gz
atac.human.R1.fastq.gz
atac.human.R2.fastq.gz
是否有一个函数可以识别atac.macaque.R1.fastq.gz和atac.macaque.R2.fastq.gz是成对的,应该分别作为x和y输入到读取这些文件的函数中
我希望找到一个函数,可以遍历目录中的所有文件对(都以不同的名称开始,即atac.human和atac.macaque),然后应用到我使用的文件读取函数 每个文件都有一对吗?如果是,则可以获取文件路径的向量,并在对名称排序后将其放入矩阵中
x <- sort(list.files('/path/to/directory', pattern = "\\.gz$"))
mat <- matrix(x, ncol = 2)
mat
# [,1] [,2]
#[1,] "atac.human.R1.fastq.gz" "atac.macaque.R1.fastq.gz"
#[2,] "atac.human.R2.fastq.gz" "atac.macaque.R2.fastq.gz"
每个文件都有一对吗?如果是,则可以获取文件路径的向量,并在对名称排序后将其放入矩阵中
x <- sort(list.files('/path/to/directory', pattern = "\\.gz$"))
mat <- matrix(x, ncol = 2)
mat
# [,1] [,2]
#[1,] "atac.human.R1.fastq.gz" "atac.macaque.R1.fastq.gz"
#[2,] "atac.human.R2.fastq.gz" "atac.macaque.R2.fastq.gz"
也许使用正则表达式选择合适的匹配项?也许使用正则表达式选择合适的匹配项?
x是的,这样可能更安全。谢谢,更新了答案。x是的,这样可能更安全。谢谢,更新了答案。