R “以下对象被‘package:xxx’屏蔽”是什么意思？

当我加载一个包时，我会收到一条消息，说明：

"The following object is masked from 'package:xxx'

例如，如果加载，则会得到以下结果：

library(testthat)
library(assertive)  
## Attaching package: ‘assertive’
## 
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
## 
##     has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true

---

此消息的含义是什么？我如何防止它？

此消息表示两个软件包的函数名称相同。在本例中，testthat和断言包包含五个同名函数

当两个函数同名时，调用哪一个？ R将通过路径查找函数，并使用它找到的第一个函数

search()
 ##  [1] ".GlobalEnv"        "package:assertive" "package:testthat" 
 ##  [4] "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics" 
 ##  [7] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
 ## [10] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

在本例中，由于assertive是在testthat之后加载的，因此它会出现在搜索路径的前面，因此将使用该包中的函数

is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x)) 
## {
##     x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
##     call_and_name(function(x) {
##         ok <- x & !is.na(x)
##         set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
##     }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>

如何抑制该消息？ 如果您知道函数名冲突，并且不想再次看到它，可以通过将warn.conflicts=FALSE传递给来抑制该消息

或者，使用以下命令抑制消息：

R的启动程序对功能屏蔽的影响 如果您更改了R的一些启动配置选项，请参阅？启动，您可能会遇到与预期不同的函数屏蔽行为。按照《初创企业》中所述的事情发生的精确顺序，应该可以解开大多数谜团

例如，那里的文档说明：

请注意，当站点和用户配置文件来源仅为 已加载基本包，因此需要加载其他包中的对象 例如，通过utils:：dump.frames或在显式加载 有关的一揽子计划

这意味着，当通过.Rprofile等文件加载第三方包时，如果在R的启动过程完成后加载第三方包，您可能会看到这些包中的函数被默认包（如stats）中的函数屏蔽，而不是相反

如何列出所有屏蔽函数？ 首先，获取搜索路径上所有环境的特征向量。为了方便起见，我们将用它自己的值命名这个向量的每个元素

library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)

要测试这一点，请尝试加载一些具有已知冲突的包，例如

如何防止名称冲突bug？ 每当您尝试使用名称不明确的变量时，冲突包就会抛出一个错误，并显示一条有用的错误消息

library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
##  * Hmisc::units
##  * base::units

---

我也有同样的问题。我使用remove.packagesPackage避免了这种混淆，它可以正常工作。在我的例子中，我不需要第二个包，所以这不是一个好主意。

如果库从“基本”包（如Hmisc:：units）屏蔽一个对象，该怎么办？我需要把它放在搜索路径的开头，这样使用它：unitsdf$age有没有办法知道在某个时间发生的所有屏蔽？@AdamRyczkowski使用base:：units，就像你使用任何其他包一样。@JohannesWentu我更新了我的答案来解释如何做到这一点。对于这种情况也可能有用。

library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no output

library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)

fns <- lapply(envs, ls)

fns_by_env <- data_frame(
  env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
  fn  = unlist(fns)
)

fns_by_env %>% 
  group_by(fn) %>% 
  tally() %>% 
  filter(n > 1) %>% 
  inner_join(fns_by_env)

library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
##  * Hmisc::units
##  * base::units