R ggplot：在geom_小提琴上添加一个理论范围（）

假设我们观察到两种甲虫。我们希望使用geom_小提琴（）比较它们的大小，如下所示：

df = data.frame(species=rep(c('species_a','species_b'),3), size=c(1,1.5,1.2,1.8,1.1,1.9))
ggplot(df, aes(x=species, y=size)) + geom_violin()

知道物种a的预期大小范围为[0.8,1.8]，物种b的预期大小范围为[1.2,1.8]

ranges = list(species_a=c(0.8,1.8), species_b=c(1.2,1.8))

---

我们如何在图形上轻松添加此范围（例如灰色形状）？

将范围放在具有物种名称和最小/最大值的单独数据框中

ranges = data.frame(species=c('species_a','species_b'), 
                    rmin=c(0.8,1.2),rmax=c(1.2,1.8))
ranges

    species rmin rmax
1 species_a  0.8  1.8
2 species_b  1.2  1.8

然后为

geom\u rect（）

使用新的数据框来创建放置在

geom\u小提琴（）下的区域。
geom_blank（）
用于根据原始数据帧生成x轴

ggplot(df, aes(x=species, y=size))  + geom_blank() + 
  geom_rect(data=ranges,aes(xmin=as.numeric(species)-0.45,
                            xmax=as.numeric(species)+0.45,
                            ymin=rmin,ymax=rmax),inherit.aes=FALSE)+
  geom_violin()

将范围与物种名称和最小/最大值放在单独的数据框中

ranges = data.frame(species=c('species_a','species_b'), 
                    rmin=c(0.8,1.2),rmax=c(1.2,1.8))
ranges

    species rmin rmax
1 species_a  0.8  1.8
2 species_b  1.2  1.8

然后为
geom\u rect（）
使用新的数据框来创建放置在
geom\u小提琴（）下的区域。
geom_blank（）
用于根据原始数据帧生成x轴

ggplot(df, aes(x=species, y=size))  + geom_blank() + 
  geom_rect(data=ranges,aes(xmin=as.numeric(species)-0.45,
                            xmax=as.numeric(species)+0.45,
                            ymin=rmin,ymax=rmax),inherit.aes=FALSE)+
  geom_violin()

您可以尝试以下方法：

# first, create data frame from list 'ranges'
df2 <- setNames(object = do.call(rbind.data.frame, ranges), nm = c("min_size", "max_size"))
df2$species <- rownames(df2)

# plot violins with 'df', and ranges with 'df2'.
# Set colour and size according to your own "data-ink ratio" preferences.
ggplot(data = df, aes(x = species)) +
  geom_violin(aes(y = size)) +
  geom_linerange(data = df2, aes(ymax = max_size, ymin = min_size), colour = "grey", size = 3)

#首先，从列表“范围”创建数据帧
df2您可以尝试以下方法：

# first, create data frame from list 'ranges'
df2 <- setNames(object = do.call(rbind.data.frame, ranges), nm = c("min_size", "max_size"))
df2$species <- rownames(df2)

# plot violins with 'df', and ranges with 'df2'.
# Set colour and size according to your own "data-ink ratio" preferences.
ggplot(data = df, aes(x = species)) +
  geom_violin(aes(y = size)) +
  geom_linerange(data = df2, aes(ymax = max_size, ymin = min_size), colour = "grey", size = 3)

#首先，从列表“范围”创建数据帧
df2