R中的DNAStringSet错误生物串

我在Biostars上发布了同样的困惑，但那里的流量似乎很低，所以我想我可能会在这里提出这个问题

我正试图使用Bioconductor的“Biostrings”包和“DNAStringSet”函数将fasta序列文件导入R，但我一直收到相同的错误：

Error in .Call2("new_XString_from_CHARACTER", classname, x, start(solved_SEW),  : 
key 112 (char 'p') not in lookup table

我的fasta文件（“FileName.fa”）由不同长度的序列组成，格式如下：

>GeneNameOne
CAGACACCCATAGATACAGATAGACAGATAGAGAAGACACCACCACACAATGA
>GeneNameTwo
CGCGACATGAACCCATGATAGACGATGAGACCCCACACACACC
...etc

我在Unix终端上执行了“grep FileName.fa”，但没有收到任何输出

有人知道发生了什么吗

---

提前谢谢。

我想好了。我使用了“readDNAStringSet”，如下所示：

FileName <- readDNAStringSet("FileName.fa")

---

FileName询问有关Bioconductor上Bioconductor软件包的问题（无需订阅）。也许你的文件不是纯文本文件，尽管它有扩展名？这是个好主意，我已经考虑过了。不幸的是，该列表的周转时间有点长，所以我希望有人能够加快我对Stack的查询。谢谢你的回复。FWIW，在发邮件7分钟后，邮件列表上有两个回复（不仅仅是我的！）！好吧，而不是“dnastingset”（）。我在最初的帖子中特别提到了这一点。另外，你没有使用你复杂的3页建议，而是通过BioC邮件列表给我发电子邮件。顺便说一下，谢谢你的否决票。这真的给我上了宝贵的一课。