Cluster computing Trimmomatic bug-baseout（和其他可选参数）

在尝试使用-baseout参数时，我在HPC上运行Trimmomatic v.0.33时遇到了一些奇怪的行为

我的代码如下所示：

java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq \
-baseout mybaseoutname ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

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Trimmomatic将运行，但奇怪的是，输出文件名将从脚本的其他部分派生（例如，.fq、ILUMINACLIP、LEADING:3）。除了明确说明输出文件名之外，还有什么办法解决这个问题吗？

这个错误的解决方案是在输入文件和修剪步骤等所需参数之前指定任何选项参数（即带有减号标记的参数）

像这样重新排列参数，它应该可以正常运行：

java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE -baseout mybaseoutname
input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

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Tony Bolger（Trimmomatic的创建者）在seqanswers上解释了这个错误：

这个错误的解决方案是在输入文件和修剪步骤等所需参数之前指定任何选项参数（即带有减号标记的参数）

像这样重新排列参数，它应该可以正常运行：

java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE -baseout mybaseoutname
input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

Tony Bolger（Trimmoatic的创建者）在seqanswers上解释了这个bug：