Image processing 基于FSL的fMRI图像下采样

我有一组功能磁共振图像。一组具有90 x 60 x 12 x 350的维度，体素维度为1 x 1 x 1 mm（350个体积）。另一组的维度为80 x 35 x 12 x 350，体素维度为0.2 x 0.2 x 0.5 mm。我正在使用其中一个图像作为注册的参考图像。由于分辨率不同，注册失败（使用调情）。所以我必须先降低采样或升高采样。我尝试过以下方法：

调情-输入图像\ -参考良好的尺寸图像\ -输出图像\ -applyxfm\ -init/usr/share/fsl/5.0/etc/stch/ident.mat

这不起作用，不适用于下采样和上采样

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如何进行正确的下采样/上采样？

您是否尝试使用fslmaths-subsamp2命令？

如果我理解正确，则您的图像的空间范围为

（a）

9x6x1.2cm^3和

（b）

1.6x0.7x0.6cm^3？它们很小，也很不同。我可以想象，如果图像2覆盖了图像1的一个非常特定的子区域（因为它要小得多），那么您可能需要给出一个良好的初始估计以获得正确的结果

如果

input\u image

具有尺寸

（b）

，并且

good\u size\u image

具有尺寸

（a）

，则调用

flirt -in input_image 
      -ref good_size_image 
      -out output_image 
      -applyxfm 

（

init

选项在这种情况下并非绝对必要）

您的输出将是以更大的体素显示更小空间的图像。我假设输出图像的大小与参考图像的大小相同（这就是参考图像的概念），但大部分图像都是空的。切换

（a）

和

（b）

没有意义，因为参考图像的空间只能覆盖输入的一小部分。你需要先注册

您可能希望尝试使用选项

applyisoxfm

，该选项将图像重采样为给定大小的立方体体素

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

将覆盖空间（b）的图像重新采样为1x1x1毫米^3。同样，这可能是对如此小的空间进行粗略的分辨率。也许将两幅图像重新采样为0.5 mm各向同性，然后进行配准

对于这些问题，最好的解决方案是

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查找帮助的位置。

对于初学者

tri-linear interpolation

请看这一点，它可能会有所帮助（那里的图像是tri-linear filtering），但我建议您搜索tri-linear interpolation（Wiki）当您说“这不起作用”时，这是否意味着您的下/上采样图像看起来不正确，或者下/上采样图像的注册失败？也许一些示例结果会有所帮助。我投了赞成票，因为这是一种经常使用的方法，OP应该意识到这一点，但是，

fslmaths-subsamp2

会导致一些非常糟糕的别名<代码>调情-ApplySoxFM 2提供了相当好的结果。

-子采样2

显然更容易（并且可以在一个

fslmaths

调用的命令序列中使用），但通常不考虑几何体。其中一个重要的地方是在2mm（尺寸91x109x91）处对MNI空间图像进行下采样。标准4mm MNI图像的大小为45x54x45，但

-subsamp2

将为您提供46x55x46.+1，用于

-applySoxFM

，它可以正确处理更改原点的操作（

-applyxfm-init$FSLDIR/etc/flirsch/ident.mat

+

fslcreatehd

不会创建高分辨率图像，但原点不正确）