对所有规则执行一次makefile运行

我已经写了一个makefile来准备一些文件。我创建原始目录，然后使用文件夹中的文件启动其他规则

RDIR=.
RFILES:=$(wildcard $(RDIR)/*.vcf)
OUTDIR=ORIGINAL
OUTFILES=$(patsubst %.vcf,$(OUTDIR)/%.gz,$(RFILES))
BCFTOOLS=bcftools 
OUTSOMATIC=SOMATIC
OUTVARDICT=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*vardict.gz))
OUTMUTEC2=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%mutect2_all.gz,$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*mutect2_all.gz))

OUTVARSCAN2=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%varscan.gz,$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*varscan.gz))

.PHONY: all

all: $(OUTDIR) $(OUTFILES) $(OUTSOMATIC) $(OUTVARDICT) $(OUTMUTEC2) 
$(OUTVARSCAN2)


$(OUTDIR)/%.gz: %.vcf
    bgzip -c $<  > $@


$(OUTDIR):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC):
    test -d $@ || mkdir $@



$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%vardict.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'INFO/STATUS ~ ".*Somatic"' $<  > $@



$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS $<  > $@



$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%varscan.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'SS="2"' $<  > $@




clean:
    rm -rf $(OUTDIR)
    rm -rf $(OUTSOMATIC)

RDIR=。
R文件：=$（通配符$（RDIR）/*.vcf）
OUTDIR=原件
OUTFILES=$（patsubst%.vcf，$（OUTDIR）/%.gz，$（RFILES））
BCFTOOLS=BCFTOOLS
外体=体
OUTVARDICT=$（patsubst）
$（OUTDIR）/%vardict.gz，$（OUTSOMATIC）/%social.vcf，$（通配符）
$（OUTDIR）/*vardict.gz）
OUTMUTEC2=$（patsubst
$（OUTDIR）/%mutect2\u all.gz，$（OUTSOMATIC）/%mutect2.social.vcf，$（通配符）
$（OUTDIR）/*mutect2_all.gz））
OUTVARSCAN2=$（patsubst）
$（OUTDIR）/%varscan.gz，$（OUTSOMATIC）/%varscan2.social.vcf，$（通配符）
$（OUTDIR）/*varscan.gz）
冒牌货：全部
全部：$（OUTDIR）$（OUTFILES）$（OUTSOMATIC）$（OUTVARDICT）$（OUTMUTEC2）
$（OUTVARSCAN2）
$（OUTDIR）/%.gz:%.vcf
bgzip-c$<>$@
$（OUTDIR）：
测试-d$@| mkdir$@
$（超体）：
测试-d$@| mkdir$@
$（OUTSOMATIC）/%.social.vcf:$（OUTDIR）/%vardict.gz
$（BCFTOOLS）视图-f PASS-i'INFO/STATUS~“*”体细胞“$<>$@
$（OUTSOMATIC）/%mutect2.somatic.vcf:$（OUTDIR）/%mutect2_all.gz
$（BCFTOOLS）视图-f通行证$<>$@
$（OUTSOMATIC）/%varscan2.somatic.vcf:$（OUTDIR）/%varscan.gz
$（BCFTOOLS）视图-f PASS-i'SS=“2”$<>$@
清洁：
rm-rf$（OUTDIR）
rm-rf$（OUTSOMATIC）

我需要启动3次make-f Makefile来执行所有规则。怎么 你能改进剧本吗

正确的方法是什么？

---

感谢您的帮助

如果我理解正确，您的makefile是将一个目录中的vcf文件压缩到第二个目录中的gz文件，然后使用这些gz文件在第三个目录中构建vcf文件（根据需要构建目录），并且最终的vcf文件才是真正的目标

如果修改变量分配以从计划的gz文件而不是已经存在的gz文件派生目标名称，则可以一次完成：

OUTVARDICT=$(patsubst $(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf,$(filter $(OUTDIR)/%vardict.gz, $(OUTFILES)))

OUTMUTEC2= $(patsubst $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz, $(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf, $(filter $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz, $(OUTFILES)))

OUTVARSCAN2 = $(patsubst $(OUTDIR)/%varscan.gz,$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf, $(filter $(OUTDIR)/%varscan.gz, $(OUTFILES)))

并修改规则以允许Make确定要构建的中间产品：

all: $(OUTVARDICT) $(OUTMUTEC2) $(OUTVARSCAN2)

$(OUTDIR)/%.gz: %.vcf $(OUTDIR)
    bgzip -c $<  > $@

$(OUTDIR):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%vardict.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'INFO/STATUS ~ ".*Somatic"' $<  > $@

$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS $<  > $@

$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%varscan.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'SS="2"' $<  > $@

all:$（OUTVARDICT）$（OUTMUTEC2）$（OUTVARSCAN2）
$（OUTDIR）/%.gz:%.vcf$（OUTDIR）
bgzip-c$<>$@
$（OUTDIR）：
测试-d$@| mkdir$@
$（超体）：
测试-d$@| mkdir$@
$（OUTSOMATIC）/%.social.vcf:$（OUTDIR）/%vardict.gz$（OUTSOMATIC）
$（BCFTOOLS）视图-f PASS-i'INFO/STATUS~“*”体细胞“$<>$@
$（OUTSOMATIC）/%mutect2.somatic.vcf:$（OUTDIR）/%mutect2_all.gz$（OUTSOMATIC）
$（BCFTOOLS）视图-f通行证$<>$@
$（OUTSOMATIC）/%varscan2.somatic.vcf:$（OUTDIR）/%varscan.gz$（OUTSOMATIC）
$（BCFTOOLS）视图-f PASS-i'SS=“2”$<>$@

我无法重现新错误；当我使用

415_tumor…verdict.vcf

运行时，它一次生成

体细胞//415_tumor…体细胞.vcf

。我注意到，在您的新输出中，最后一个命令（

bcftools…

）没有提到输入文件或输出文件。并且您的新makefile构建了

social/

，但没有在其中构建vcf文件。你能把

$（信息列表是$（OUTVARDICT））

放在你的makefile中（就在

all:

规则的上方）并告诉我输出中出现了什么吗？谢谢你的帮助和耐心！！如果我像你在这里看到的那样插入代码[现在似乎运行所有..那是什么意思？[@user3354898:那些页面已经从pastebin中删除了（这是我们通常不喜欢此类链接的一个很好的例子）。你能告诉我输出行“list is…”？很抱歉！！

列表是Social//415\u tumor\u 416\u normal\u merge.vardict.Social.vcf

，我可以在这里插入所有脚本以显示给您。在评论中？实际上，您可以再试一次pastebin吗？这可能是最好的方法。如果是这样，请给我您正在使用的完整makefile，然后运行

make clean

，然后运行

make

，一个I’我会把两者的全部输出都给我。