Matlab：DNA序列比较

我想比较两个DNA序列。但是，我想取第一个序列的第一个蛋白质，并将其与第二个序列的全长进行比较，依此类推

例如

DNASequence1:ABCDEFGHIJKA

DNA序列2:ABCHIKABTIYO

---

因此，它获取序列A中的第一个蛋白质，并将其与第二个序列进行比较，产生两个匹配。然后取B并比较，产生另外两个匹配项。依此类推，直到所有的蛋白质都进行了比较。

你可以通过一个循环来实现这一点，但是

bsxfun

更简洁（可能更快），并且给出了相同的结果：

A = 'ABCDEFGHIJKA';   %// I shortened the variable names...
B = 'ABCHIKABTIYO';   %// because I don't like typing.

C = bsxfun(@eq, B, A')

C =

   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0
   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0

C

的每一行都是

1

，其中

A

中的对应元素出现在

B

中。例如，行

9

给出字母

I

的所有出现顺序

B

这也适用于序列长度不同的情况：

>> D = [B B]
D = ABCHIKABTIYOABCHIKABTIYO

>> bsxfun(@eq, D, A')
ans =

   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0
   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0

---

提示：看看

DNASequence2==DNASequence1（1）

给了你什么。这样做行吗<代码>总和（~bsxfun（@减号，dna1，dna2'），1）恐怕不是hbaderts。谢谢@bicker，我理解现在产生的结果。我会尝试现在就想出一些代码！另一个提示：您可能希望将

bsxfun

与

@eq

一起使用。在beaker处有进一步的线索吗？如果可能的话，我想把它设置成某种形式的环，因为两个序列的DNA长度可以是15，另一个序列的DNA长度可以是20。谢谢。对不起，我刚才真的很傻！