Perl-打印具有特定扩展名的所有文件中的头文件

我有多个输入文件（outputXXX.pdb），我想为其编写输出文件（outputXXX.gjf）

输入文件的格式如下：

ATOM      1  CAY GLY X   1      -0.124   0.401  -0.153  1.00  2.67      PEP
ATOM      2  HY1 GLY X   1      -0.648   0.043  -1.064  1.00  0.00      PEP
ATOM      3  HY2 GLY X   1      -0.208   1.509  -0.145  1.00  0.00      PEP

对于每个输入文件，我想创建一个输出文件，其中包含一个单独的文本文件“gaussian.txt”中的标题，并获取每个相应输入文件的第2、6、7、8列中的内容，生成如下内容：

Title
Header Line 1
Header Line 2

CAY   -0.124   0.401  -0.153
HY1   -0.648   0.043  -1.064  
HY2   -0.208   1.509  -0.145

下面是我当前的脚本

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use File::Basename;

my $input_path  = $ARGV[0];
my $output_path = $ARGV[1];

foreach my $filename (<$input_path/*.pdb>) {

    my $output_file = basename( $filename, '.pdb' );

    open( my $input_fh,  "<", $filename )                       or die $!;
    open( my $output_fh, ">", "$output_path/$output_file.gjf" ) or die $!;
    open( my $header,    "<", "gaussian.txt" )                  or die $!;

    while (<$input_fh>) {
        if ( /CAY/ .. /HT2/ ) {
            print {$output_fh} $header;
            print {$output_fh} join( " ", +(split)[ 2, 6, 7, 8 ] ), "\n";
        }
    }

    close($output_fh);
    close($input_fh);
}

任何关于如何改进我的脚本的建议都将不胜感激

更新更新了下面的代码。它很混乱（我不是很有经验），但支持以下输出

输出：

 Title
 Header Line 1
 Header Line 2

 CAY-0.124 0.401 -0.153
 HY1-0.648 0.043 -1.064
 HY20.208 1.509 -0.145

代码：

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
使用File:：Basename；
我的$input_path=$ARGV[0]；
我的$output_path=$ARGV[1]；
my$header=“gaussian.txt”；
foreach my$filename（）{
我的$output_file=basename（$filename，.pdb'）；
打开（my$header\u fh，“，”$output\u path/$output\u file.gjf”）或die$！；
打印{$output_fh}@行；
open（my$input_fh，“
$header
不包含头字符串，但其文件句柄：

open (my $header, "<", "gaussian.txt") or die $!;

open（my$header），我会这样做。我所做的主要更改是


使用autodie
而不是显式检查每个文件操作的成功与否

使用
do
块将
gaussian.txt
的内容读入
$header

将
.pdb
文件类型替换为
.gjf
，而不是将其添加到末尾

使用
select
使GJF文件成为默认输出，以便
print
语句不需要显式的文件句柄

使用
next/\S/
处理包含非空格字符的每一行输入文件

使用数组切片的字符串插值在输出中放入空格，以避免调用
join




！/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
使用v5.10.1；
使用自动模具；
使用文件：：Basename“Basename”；
my（$pdb_路径，$gjf_路径）=@ARGV；
我的$header=do{
打开我的$fh，，“$gjf_路径/$gjf_文件”；
选择$gjf_fh；
打印$header；
打开我的$pdb_fh，'如果（/CAY/./HT2/），行
if的用途是什么
？您的PDB文件是否总是在第三列中以相同的顺序精确地包含这三个值？文件中是否还有其他行需要忽略？此外，您是否希望输出文件名看起来像
myfile.PDB.gjf
？这就是您所编码的，但更常见的做法是将
.PDB
替换为de>.gjf
您能帮我找出这些错误吗？
在串联（.）中使用未初始化值$gjf\u path或者./stack.pl第21行的字符串。
和
无法打开“/output1.gjf”进行写入。./stack.pl第21行的“权限被拒绝”
为什么写入权限会有问题？@EA00:这是个问题吗？您没有传递任何参数。
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use File::Basename;

my $input_path = $ARGV[0];
my $output_path = $ARGV[1];
my $header = "gaussian.txt";

foreach my $filename (<$input_path/*.pdb>) {
        my $output_file = basename ( $filename, '.pdb');
    open (my $header_fh, "<", $header) or die $!;
        my @lines;
        while (<$header_fh>) {
        push (@lines, $_);
    open (my $output_fh, ">", "$output_path/$output_file.gjf") or die $!;
        print {$output_fh} @lines;
    open (my $input_fh, "<", $filename) or die $!;
        while ( <$input_fh>) {
        if (/CAY/../HT2/) {
                print {$output_fh} join (" ", (split)[2,6,7,8]), "\n";
                }
                }
        close($output_fh);
        close($input_fh);
}
}

open (my $header, "<", "gaussian.txt") or die $!;

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use v5.10.1;
use autodie;

use File::Basename 'basename';

my ( $pdb_path, $gjf_path ) = @ARGV;

my $header = do {
    open my $fh, '<', 'gaussian.txt';
    local $/;
    <$fh>;
};

for my $pdb_file ( glob "$pdb_path/*.pdb" ) {

    ( my $gjf_file = basename($pdb_file) ) =~ s/\.pdb$/.gjf/;

    open my $gjf_fh, '>', "$gjf_path/$gjf_file";
    select $gjf_fh;

    print $header;

    open my $pdb_fh, '<', $pdb_file;

    while ( <$pdb_fh> ) {
        next unless /\S/;
        my @fields = split;
        print "@fields[2,6,7,8]\n";
    }
}