Python 将R转换为ryp2

我试图在python脚本中运行一些R代码。要做到这一点，我使用rpy2，但有困难（也可以调用R脚本，但我也不能让它工作）。下面是我希望它执行的R脚本代码：

library(ggplot2)
setwd("/dir/")
allelefreqshort <- read.table("allelefreqsshort.txt", header = TRUE)
hist(log10(allelefreqshort$AlleleFreq), xlim = c(-15,0), breaks=20)

---

这里的

f

是一个R数据帧，它本质上意味着一个R列表，其中所有元素都是R向量（每个元素都是表中的“列”），并且所有这些向量都具有相同的长度

---

执行

f[0]

将返回一个长度为1的列表，因为这是R将要做的事情（R有

[

和

[

-到今天为止，我还不确定Python端的

[

是否应该像R的

[

一样，但对于另一个线程是这样）。

f.rx2（1）

将返回您想要的结果（参见RPY2的DOC和数据帧，记住R序列是1偏移，而Python向量是0偏移）。可以保持R命令非常完整，但是在Python之间处理不同的对象。考虑下面的Rpy2和RScript命令行解决方案：

RPY2

import os
import rpy2
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr

# CURRENT DIRECTORY OF SCRIPT
cd = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

# READ IN DATA
allelefreqshort_py = ro.r['read.table'](os.path.join(cd, "allelefreqs.txt"), header=False)

# PASSING PYTHON DF TO R DF
ro.globalenv['allelefreqshort'] = allelefreqshort_py

# OUTPUT PLOT
grdevices = importr('grDevices')
grdevices.png(file="alleleFreq.png", width=800, height=500)
p = ro.r('hist(log10(allelefreqshort$AlleleFreq), xlim = c(-15,0), breaks=20)')
grdevices.dev_off()

RScript

或者，您可以运行子流程，并使用R的自动可执行文件通过命令行调用R脚本。您甚至可以将参数传递到R脚本中，以便R与

commandArgs（）

一起使用

---

为什么你不能在调用

r.hist

时设置

xlim

？log（f[0]）给了我一个错误，我无法让xlim在r.hist中正常工作。也许

将numpy导入为np

然后

np.log（f[0]）

？什么是

类型（f[0]）

？

import os
import rpy2
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr

# CURRENT DIRECTORY OF SCRIPT
cd = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

# READ IN DATA
allelefreqshort_py = ro.r['read.table'](os.path.join(cd, "allelefreqs.txt"), header=False)

# PASSING PYTHON DF TO R DF
ro.globalenv['allelefreqshort'] = allelefreqshort_py

# OUTPUT PLOT
grdevices = importr('grDevices')
grdevices.png(file="alleleFreq.png", width=800, height=500)
p = ro.r('hist(log10(allelefreqshort$AlleleFreq), xlim = c(-15,0), breaks=20)')
grdevices.dev_off()

import subprocess

# CURRENT DIRECTORY OF SCRIPT (ASSUMING R SCRIPT IN SAME DIRECTORY)
cd = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

# COMMAND LINE ARGUMENTS (IF RSCRIPT.EXE IS PATH VARIABLE, LEAVE OUT DIRECTORY)
cmd = ["path/to/RScript", os.path.join(cd, "HistPlotScriptName.R")]

# SUBPROCESS CALL
a = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdin=subprocess.PIPE,
                     stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
output,error = a.communicate()

# R CONSOLE OUTPUT PRINTED TO PYTHON CONSOLE
if a.returncode == 0:               # SUBPROCESS SUCCESSFUL
    print(output.decode("utf-8"))
else:                               # SUBPROCESS FAILED
    print(error.decode("utf-8"))