Biopython 1.60中的Bio.Entrez和蛋白质问题

我在使用Bio.Entrez搜索蛋白质时遇到问题。我正在这样做：

>>> handle=Entrez.esearch(db="protein", term="insulin AND homo")
>>> record=Entrez.read(handle)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 351, in read
    record = handler.read(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 169, in read
    self.parser.ParseFile(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 307, in endElementHandler
    raise RuntimeError(value)
RuntimeError: Search Backend failed: Database is not supported: protein

handle=Entrez.esearch（db=“protein”，term=“insulin AND homo”） >>>记录=Entrez.read（句柄） 回溯（最近一次呼叫最后一次）： 文件“”，第1行，在 文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/_init__.py”，第351行，已读 record=handler.read（句柄） 文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第169行，已读 self.parser.ParseFile（句柄） 文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第307行，在endElementHandler中 引发运行时错误（值） 运行时错误：搜索后端失败：不支持数据库：错误 我对einfo（）也有问题，请检查以下内容：

>>> handler=Entrez.einfo(db="protein")
>>> record=Entrez.read(handler)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 351, in read
    record = handler.read(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 169, in read
    self.parser.ParseFile(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 285, in startElementHandler
    raise ValidationError(name)
Bio.Entrez.Parser.ValidationError: Failed to find tag 'Build' in the DTD. To skip all tags that are not represented in the DTD, please call Bio.Entrez.read or Bio.Entrez.parse with validate=False.

handler=Entrez.einfo（db=“protein”） >>>record=Entrez.read（处理程序） 回溯（最近一次呼叫最后一次）： 文件“”，第1行，在 文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/_init__.py”，第351行，已读 record=handler.read（句柄） 文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第169行，已读 self.parser.ParseFile（句柄） 文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第285行，在startElementHandler中 引发验证错误（名称） Bio.Entrez.Parser.ValidationError:在DTD中找不到标记“Build”。要跳过DTD中未表示的所有标记，请调用Bio.Entrez.read或Bio.Entrez.parse，并使用validate=False。

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为什么不支持蛋白质数据库？有人能帮我解决这个问题吗？

也在Biopython邮件列表中提到，现在显然正在工作：

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我们认为这是NCBI的一个暂时性问题。

也在Biopython邮件列表中提出，显然现在正在工作：

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我们认为这是NCBI的一个暂时性问题。

无法复制BioPython 1.60的第一个版本。（您确定打开Python终端并从Bio import Entrez；Entrez.email=”粘贴

dgrtwo@princeton.edu“handle=Entrez.esearch（db=“protein”，term=“insulin AND homo”）；record=Entrez.read（handle）；print record

导致该错误？>>>print Bio.\uuuuu version\uuuuuuuuuu 1.60 Entrez.email=”dgrtwo@princeton.edu"; handle=Entrez.esearch（db=“protein”，term=“insulin AND homo”）；记录=Entrez.read（句柄）；打印记录回溯（最后一次调用）：文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/_init__.py”中的第1行文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第351行，读记录=handler.read（handle）文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第169行，读。。。。RuntimeError:搜索后端失败：不支持数据库：是，仍然是相同的错误。你是编译Biopython还是从存储库安装的？好吧，这很奇怪。运行同一代码几次，有时会导致错误，有时则不会。你能再次尝试运行第一个代码吗？我使用

pip install biopython

（现在刚安装）安装了，我使用了“aptitude install python biopython”，但总是产生相同的错误，也许我应该编译…无法重现biopython 1.60的第一个问题。（您确定打开Python终端并从Bio import Entrez；Entrez.email=”粘贴

dgrtwo@princeton.edu“handle=Entrez.esearch（db=“protein”，term=“insulin AND homo”）；record=Entrez.read（handle）；print record

导致该错误？>>>print Bio.\uuuuu version\uuuuuuuuuu 1.60 Entrez.email=”dgrtwo@princeton.edu"; handle=Entrez.esearch（db=“protein”，term=“insulin AND homo”）；记录=Entrez.read（句柄）；打印记录回溯（最后一次调用）：文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/_init__.py”中的第1行文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第351行，读记录=handler.read（handle）文件“/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py”，第169行，读。。。。RuntimeError:搜索后端失败：不支持数据库：是，仍然是相同的错误。你是编译Biopython还是从存储库安装的？好吧，这很奇怪。运行同一代码几次，有时会导致错误，有时则不会。你能再次尝试运行第一个代码吗？我使用

pip install biopython

（现在刚安装）安装了。我使用了“aptitude install python biopython”，但总是产生相同的错误，也许我应该编译。。。