读取fasta文件并在python中编辑行

我是编程新手，这是我第一次使用python。我正在编写一个代码，它应该读取一个fasta文件并删除每个序列的头。 读取文件的我的代码：

def read_fasta(inputfile):
    with open(inputfile,'r') as f:
        file=f.readlines()
    f.close
    return file

fasta_file=read_fasta('SELEX_100_reads.txt')

print(fasta_file)

fasta文件的输出如下所示：

['@DBV2SVN1:110:B:7:1101:1456:2092\n', 'CTAAAAAGCGAGTGCGNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNCNNNNNNNNAAACANNAAGGTAAGAAACAAGCACAGATGAGAGC\n', '\n', '+\n', '#####################################################################################################\n', '\n', '@DBV2SVN1:110:B:7:1101:2491:2141\n', 'AAGTGAGCAAACAGAAACATAGTGCGGAGTGGGAAAATGAGACTCAAAAAAAGAGTGTGGGTATTCAGTAGGGGATATTAGGCCACAATACGAAAGAGCAA\n', '\n', '+\n', '#####################################################################################################\n', '\n', '@DBV2SVN1:110:B:7:1101:2924:2130\n'......]

它是一个列表，每个序列都有标题。因此，我只想把每一行的DNA序列（CTAAAA或AAGTAAAGCA）作为一个列表。 有人能帮我吗？ 非常感谢

干杯， 约翰

• 从这个问题上，我想你想要的是所有的DNA序列
• 如果行包含除A、C、G、T以外的任何内容，则可以对其进行过滤

def read_fasta（输入文件）：
将open（inputfile，'r'）作为f：
file=f.readlines（）
ret=[]
对于文件中的行：
如果设置（条带（线））=={'A'、'G'、'T'、'C'}：
ret.append（带（线））
回程网
fasta\u file=read\u fasta（'SELEX\u 100\u reads.txt'）
打印（fasta_文件）

您可以使用正则表达式过滤器。假设您只需要包含一个或多个A/C/G/T或N字符的行（除了换行符和任何其他尾随空格），您可以执行以下操作：

import re

file = list(filter(re.compile("[ACGTN]+\s*$").match, file))

删除其他行

---

如果不包括包含N的字符串（我不知道足够的生物化学来知道它们代表什么-从外观上看不是核苷酸），那么显然从regexp中排除

N

。

您可以将DNA过滤到一个新列表中：

only_dna = fasta_file[1::6]

---

在[1:：6]中，1是开始位置，6是列表中的“跳过间隔”。

请修复代码。如果将

与打开的

上下文管理器一起使用，则不需要

f.close

。此外，甚至不调用

f.close

。您可以删除该行。这是我的新代码：def read_fasta（inputfile）：将open（inputfile，'r'）作为f:file=f。readlines（）表示文件中的元素：if elem！='@'：文件。删除（elem）返回文件你好，丹尼斯，谢谢你的帮助。这对我帮助很大。你好，阿兰尼维，谢谢你的帮助。一个好的方法和途径。谢谢