R 伊兰吉斯-米诺维拉普
我正在尝试使用IRanges将一组范围分组为唯一的集合。我希望至少有100个重叠。这是行不通的。有人能帮我吗?我怀疑这与R 伊兰吉斯-米诺维拉普,r,R,我正在尝试使用IRanges将一组范围分组为唯一的集合。我希望至少有100个重叠。这是行不通的。有人能帮我吗?我怀疑这与reduce()的工作方式有关,但我似乎无法找到解决方案 例如: start.vec<-c(2021,2378,2718,2275) end.vec<-c(2374,2737,3408,3408) ir<-IRanges(start.vec,end.vec) grouped<-subjectHits(findOverlaps(ir,reduce(ir),
reduce()
的工作方式有关,但我似乎无法找到解决方案
例如:
start.vec<-c(2021,2378,2718,2275)
end.vec<-c(2374,2737,3408,3408)
ir<-IRanges(start.vec,end.vec)
grouped<-subjectHits(findOverlaps(ir,reduce(ir),minoverlap=100))
start.vec不是100%确定你在找什么,但是如果我
> hits = findOverlaps(ir, minoverlap=100L)
我得到一个对象,它告诉我哪些查询与哪些主题重叠,其中查询和主题实际上是相同的范围
> hits
Hits of length 10
queryLength: 4
subjectLength: 4
queryHits subjectHits
<integer> <integer>
1 1 1
2 1 4
3 2 2
4 2 4
5 3 3
6 3 4
7 4 1
8 4 2
9 4 3
10 4 4
您可以使用
> hits1 = hits[queryHits(hits) != subjectHits(hits)]
这是问这些问题的一个很好的资源伊朗人来自哪里?编辑:哦,我明白了,这是一个生物导体包装。
> hits1 = hits[queryHits(hits) != subjectHits(hits)]